种子企业知识产权管理是对企业所拥有的知识产权进行开发、运用和保护的综合管理。有效的知识产权管理不仅能对种子企业的知识产权提供强有力的保护，还能通过协调各种知识产权来提高种子企业知识产权的适用性，巩固和扩大企业的市场占有份额，提高企业知识产权的运营收益，降低知识产权的运营成本。种子企业知识产权管理的目标主要包括两个方面：一是对企业所拥有的知识产权进行有效保护，防止侵权行为的发生。二是通过知识产权运营，充分发挥知识产权的放大功效，为企业获取更多的经济效益。种子企业知识产权管理在企业管理中具有独特的重要地位。建立科学有效的知识产权管理体系是种子企业知识产权有效管理的保障。
1组建知识产权管理机构
为了提高企业知识产权综合实力，种子企业应设置知识产权管理的专门机构并配备专职工作人员。种子企业知识产权管理部门的主要职责包括：一是根据本企业的发展战略制定相应的知识产权配套策略；二是根据种子行业特点和本企业经营管理特点，制定并实施知识产权管理制度，如种质资源管理规定、育种科研管理规定等；三是协调企业与其他单位之间以及企业内部的知识产权事宜，例如企业与联盟成员间的知识产权事务，企业与农业科研单位在育种研发合作方面的知识产权事宜，以及对种子企业内部各部门之间的知识产权问题予以协调等；四是协助种子经营管理部门查处对本企业的知识产权侵权行为，协调和解决企业对外知识产权纠纷；五是对种子行业内的知识产权信息进行搜集、整理和分析，特别是种质资源、品种研发方向和品种权、农业技术专利申请授权的情况；六是及时了解竞争对手的知识产权战略意图和种业知识产权研发状况，为本企业知识产权管理提供建议；七是建立企业种业知识产权库，加强企业知识产权的信息化管理；八是负责本企业知识产权教育培训工作，通过定期举办种业知识产权培训班、讲座等形式，提高企业员工特别是育种科研人员的知识产权保护意识，加强对知识产权价值及其权利归属的认识。
值得注意的是，由于种子企业的知识产权管理和战略一样，与种子企业经营活动有着十分密切的联系，种子企业知识产权的创造、保护、运营与企业育种技术研究、新品种研发、种子繁育生产、种子经营往往是联系在一起的。因此，种子企业必须注重知识产权部门和企业内部其他职能部门之间的联系与沟通。
2制定知识产权管理制度
知识产权管理制度是种子企业知识产权管理的关键，其基本使命是保障企业沿着企业知识产权管理目标和理念的指引，充分挖掘和利用本企业现有的资源，使企业知识产权活动朝着预期的方向发展（冯晓青，2005）。种子企业知识产权管理制度主要包括：种质资源管理制度、育种科研管理制度、育种科研人员奖励办法、保密工作管理规定、种子标签管理规定、种子加工管理规定、技术秘密管理规定、竞业限制管理规定、科研项目管理规定以及知识产权重大事项预警管理规定等。根据种子企业经营业务活动的范围不同，每个企业知识产权管理制度涉及的范围也会略有不同，例如对于种子出口企业，往往还会制定国际贸易中相关知识产权管理规定。总之，制定一系列的知识产权管理制度，可以使种子企业的知识产权管理工作有章可循，种业知识产权创新、管理、运营和保护各个环节落到实处，确保种子企业知识产权与企业发展战略之间的协同。
3建立知识产权激励机制
知识产权制度本身就是一种促进创新的激励机制，它是我国有效保护和激励企业进行技术创新的基本法律制度。但是要使知识产权制度的功效在种子企业得到有效发挥，还必须有赖于种子企业自身建立相应的激发员工知识产权创造热情的管理制度和激励机制。农作物育种特别是常规育种，对主要育种人员的依赖性较强。种子企业可对在品种研发过程中获得国家、省、市科技进步奖和取得知识产权创新成果的育种技术人员进行表彰、奖励，并设计具有激励性质的薪酬制度来激发育种人员科研创新的积极性。种子企业可以对不同育种研发人员采取不同的管理模式。具体而言，可分为三个层次：
第一层次，具有一定学术成就并且创新能力获得种子行业普遍认可的研发人员，他们是品种创新的领跑者，种子企业育种创新主要依赖于他们的知识、经验与判断。这类研发人员的薪酬应达到企业内部的最高水平，考核指标要体现其对企业内部知识产权能否有效支持和对企业知识创新承担的责任。
第二层次，具有较强创新能力、承担企业重要科研任务的项目负责人，他们是企业知识产权创新的中坚力量。这类人员的薪酬应与其创新成果挂钩，薪酬水平应高于种子行业平均水平。
第三层次，具有一定专业基础的研发人员，他们尚无独立开展技术创新的能力，是企业内部知识产权的学习者与模仿者。对这类人员主要关注其学习与成长情况，薪酬采用市场化的工资水平。
4加强知识产权人才培养
知识产权管理是一个集法学、经济学、管理学等学科于一体的交叉学科，种子企业应着力培养具备以下知识结构的复合型知识产权人才：第一，法律知识。熟悉和掌握与种业知识产权相关的法律知识和国际贸易规则。第二，经济学和管理学知识。企业所拥有的创新成果只有转化为现实经济利益才能发挥其应有的功效。因此，种子企业不仅要拥有自主知识产权，还需要能够对知识产权进行有效管理的人才，使企业的知识产权转化为现实的生产力，通过在种子产业中的实施来实现其经济价值和社会效益。第三，农学和生物学方面的知识。种业知识产权管理人才必须能够理解种业知识产权中所包含的种子科技创新，因此他们需要掌握相应的农学知识，了解农作物生产的基本理论、方法和技术，以及生物育种等相关专业知识，达到普通农业科技人员的水平。第四，熟练运用外语。能够掌握国际最新的相关动态，并开展积极的国际合作与交流。