我国对专利纠纷实行行政处理和司法审判双轨制,这一具有中国特色的专利保护体系更有利于保护专利权人的利益,特别是行政保护具有快速便捷的特点。目前,广东、山东等省市知识产权行政管理部门已经设置到区县级。与我省相邻的山东省,16个省辖市中8个是一级局,8个是二级局编制最少的为8人,最多的已达23人。甚至西部地区省份如宁夏、内蒙古都在省辖市一级设立了知识产权局。而我省作为经济大省、人口大省,在知识产权机构建设方面却远远落后于兄弟省市。截止2003年底,我省有8个省辖市成立了副县级知识产权局,3个市在科技局加挂知识产权局,2个市成立了科级局,但是仍有两个市没有设立知识产权局,在设立知识产权局的地市中,仅有8个省辖市为相对独立的副县级知识产权局,相当一部分仍为与科技局合署办公的内设部门,大部分知产权局的编制太少,有的只有一两个人,有些地市甚至没有专利专职管理人员,造成知识产权保护行政执法不力,专利权人和消费者的合法权益不能得到有效保护。如漯河昌达食品有限公司,是一个靠专利起家的民营企业,当“澳的利”专利产品遭到侵权需要保护时,由于漯河市没有机构,无人管理,不能得到有效保护,严重挫伤了企业搞发明创造的积极性。
由于专利审判工作的专业性,目前我国的专利纠纷案件一审由省会城市的中级人民法院管辖。在我省,郑州市中级人民法院为受理专利纠纷案件的一审法院,河南省高级人民法院为二审法院这两级法院的民三庭负责审理全省的专利纠纷案件。郑州市中级人民法院近几年审结了大量的知识产权案件,除去节假日,平均每3天审结一起知识产权案件,其中专利纠纷案件占有较大比重。专利纠纷案件的审判有力地维护了专利权人的合法权益,打击了专利侵权行为,增强了人们尊重专利的法律意识。但另一方面,仍然存在着侵权者有恃无恐的现象,不少中小型企业尤其是多镇企业和个体企业,什么赚钱就做什么,根本不考虑该技术或产品是否受专利保护。专利权人发现侵权后取证难,维权成本高,审理时间长,判决执行难,往往发生专利权人赢了官司而难以拿到赔偿的现象甚至是得不偿失,使很多专利权人生出“专利无用”的感慨。另外,专利保护方面的地方保护主义也在一定程度上助长了专利侵权行为,削弱了司法保护力度。