我国食用菌品牌商标较少
我国是世界第一大商标注册国，2019年一季度，新申请的商标超过155万件，累计申请数达3 676.5万件，累计注册超过2 400万件，有效注册超过2 100万件，总量超过全球比例40%。2000年～2019年，我国商标申请数量呈现爆发式增长，从22.3万件增长到731.7万件，最近几年呈现倍增势态。其中国际商标申请约占国内商标的0.08%，主要为电子、机械和服装类。我国菌类注册商标数量尚没有统计数据，各方都没有将菌类商标作为一个单独门类列入统计，可见重视程度不足。但是在2017 年度新增506个地理标志名录中，只有9种食用菌类，包括旌德灵芝（13）、遵化香菇（干制106）、遵化香菇（新鲜107）、 绥棱木耳（136）、安图黑木耳（207）、敖汉北虫草（干制248）、敖汉北虫草、（新鲜249）、文登花香菇（295）波密鲜松茸（440）。当年获选第七届全国地理标志商标摄影大赛一等奖的是2008年首度入选食用菌行业驰名商标的古田银耳。主要食用菌品牌还是以庆元香菇、龙泉灵芝、古田银耳、岫岩香菇、平泉食用菌、东宁黑木耳、汪清县黑木耳、延边国家级食用菌、伊春原生态食用菌和柞水木耳等地理标志品牌为主。
缺乏商标品牌战略意识
食用菌企业没有认识到品牌是产品的旗帜，标识观念不强，缺乏强烈的商标意识。首先，各省食用菌行会还有没有标识的，没有标识的行会影响力明显低于有标识的行会。基层生产农户更缺乏商标意识，商标使用以挂靠为主。在国际上也缺乏商标意识，导致国内最具影响力的庆元香菇在美国被抢注，给国际市场的竞争带来了极大的困扰。其次，知名品牌主要集中于江浙一带，比如生产型的品牌具有代表性的上海雪榕、上海光明森源、天水众兴菌业，加工型品牌浙江天和、上海大山合、湖北裕国菇业，功能型品牌江苏安惠、浙江寿仙谷、浙江佐力药业，食用菌生产加工设备型品牌浙江宏业装备、浙江青风、杭州弗德里希等。有些品牌注册了地理标志，但是没有注册证明商标，品牌效应发挥较差。第三，地区品牌较少，比如湖北省在2010年之前只有60多个品牌，近年来品牌增长速度较快，但是也不能满足食用菌产业发展的实际需求。国际上品牌竞争力差，和日本Hokuto Corporation、荷兰克里斯汀斯集团、美国施尔丰这样国际知名公司相比，商誉和产品质量都较为逊色。第四，集体商标管理不规范，类似满菇香、大瓦山食用菌合作社等商标还缺乏板块整合。
食用菌商标侵权事件时有发生
2017年全国处理商标侵权案件超过3万件，处罚金额4.7亿元，但是食用菌案件处理效果较差。2017年，上海丰科起诉几家白玉菇工厂Finc-W-247菌种侵权无果，意味着我国食用菌商标和知识产权保护还有漫长的道路要走，而上海丰科自身在知识产权和商标专利权保护上也缺乏实质行动，自身举措也令人失望。除了品种之外，设备也是侵权的重灾区，各个食用菌设备生产公司之间专利权纠纷不断，创新者的利益得不到有效保障。

我国食用菌知识产权和商标的保障法律不够健全，还没有一部针对食用菌产业的商标立法，以上四部法律各有侧重，但是难以解决我国食用菌商品侵权的问题。截止到2019年5月10日，在国家知识产权局网站上搜索食用菌专利，共有17 027次，其中发明专利占大约三分之二，新型实用专利占三分之一，是2010年的3倍，专利发明在A类、C类和B类居多，主要集中在农业生产、工业加工和栽培方法等领域。从1978年以来，我们食用菌产量的占世界总产量的比例从5%上升到70%，1978年、1983年、1990年、1994年、1997年、2002年分别为5.7%、12%、28.8%、53.8%、63.6%、70.6%。明显专利发展水平滞后于食用菌增长规模。