一般情况下，由专利申请人提出实质审查请求启动来实质审查程序专利部门不主动启动实质审查程序。只有在特殊情况下，才可以由国务院专利行政部门启动。自申请日以后3年内，专利申请人可随时提出实质审查请求；无正当理由逾期不提出实质审查请求的，其申请被视为撤回。国务院专利行政部门在其认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。

审查过程中如发现有不符合要求的申请案，专利局将通知申请人限期补正修改。修改后仍不符合要求的申请案，将被驳回；符合要求的申请案将被授予专利权，并予以公告。实质审查必须在申请案公开之后进行。有时申请人为了早日启动实质审查程序，在申请提出时便要求实质审查。根据规定，在申请日起第十八个月前提出实质审查请求的申请案，必须同时提出提前公开的请求。

申请人请求实质审查时，应当提交在申请日以前与其发明有关的资料。已经在国外提出过专利申请的，国务院专利行政部门可以要求申请人在指定期限内提交该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料，无正当理由逾期不提交的，该申请被视为撤回。“检索资料”，是指有关外国专利局或者地区专利局对该申请的检索报告。“审查结果资料”，包括审查意见通知书、授权决定及授权文件、驳回决定等。

发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后，仍然不符合《专利法实施细则》第53条规定的，应予以驳回。对经实质审查没有发现驳回理由的，国务院专利行政部门应当做出授予专利权的决定，并向专利申请人发出授予专利权的通知。