由于计算机程序具有实用技术性质，用什么方式保护其权利的问题存在很大的争论。

包括美国在内的不少国家都曾尝试用专利法来保护计算机程序。在当时的人们看来，专利保护具有如下优点：第一，专利法保护的是创造性的方法，而程序中最有价值的正是开发者提出的方法；第二，专利保护具有了强烈的独占性，一旦该专利申请被批准，其他的类似发明即使是独立开发出来的也不能使用，故保护水平高；第三，专利保护期限大体上与程序的经济寿命接近，比较合理。因此20世纪60年代美国曾有不少计算机程序申请专利保护。

经过一段时间的尝试后，人们又发现运用专利法保护计算机程序存在一系列难以克服的困难。首先，专利法只保护根据自然规律、逻辑规则所做出的发明创造，却不保护自然规律、逻辑规则本身，而计算机软件总离不开算法，算法被人们认为是数学公式，反映自然规律和逻辑规则，因而不能得到专利保护。其次，申请专利的产品或方法一般必须具备新颖性、创造性和实用性，而计算机软件作品中符合这三性要求的为数不多。其三，专利申请的审批期限过长，从申请之日到最后获得批准授权最长需2至3年，而软件的经济价值很可能就只有2至3年的寿命，甚至更短，即使成功取得专利权，也失去了任何意义。最后，申请专利必须公开所有申请文件，并使得同行业普通技术人员能够实施专利说明书中所载明的内容。而这一点正是计算机软件最忌讳的。

为解决上述问题，人们开始将眼光转向著作权法。事实上，计算机软件的表现形式很像传统的文字作品；复制或抄袭已成为侵害软件的主要方式，而禁止他人在未经权利人许可的情况下抄袭、复制其作品，恰好是各国著作权法的主要内容。因此，将软件列为著作权法保护的对象是有一定的道理的。而且，同其他现行知识产权制度相比，著作权法是一种方便迅速、廉价取得保护的法律形式。一项软件的版权在其开发成功后无须审查即可取得，比申请专利方便得多，即使有的国家要求登记，手续也很简单，费用较低。若采用合同法，在合同中约定各方权利义务，其有效范围仅及当事人双方，对予第三方的侵权行为无约束力；若采用商业秘密法，其约束力限于合法接触商业秘密的当事人各方，对权利人的保护也不够有力。

著作权法在国际上能像今天这样成为保护软件的主要法律形式，美国的作用不可忽视。美国计算机产业领先于各国，软件产业在国际上占有生产和技术方面的绝对优势。著作权保护对作为软件产业先进国家和“软件公司”的美国好处最多；特别是两个主要的著作权国际条约，即《伯尔尼公约》和《世界版权公约》将计算机程序纳入著作权保护范围，使其软件容易迅速地在缔约国中获得国际保护。此外，著作权法对作品保护年限长，有利于控制软件技术。

将软件界定为作品，对其实行版权保护虽然确有上述便利之处，但不利之处也是客观存在的。软件作品与传统版权法所保护的文字作品相比较而言，其实用性独树一帜，体现为：软件作为程序并不是为人们提供美的享受和情感交流，而是在于驱动计算机硬件工作；它的内容只能供计算机接受和理解，未经专门训练的人一般很难阅读。故在著作权法体系下，软件的法律保护内容也必须作一些调整，如扩大版权客体的保护范围，将计算机软件作品的保护对象从具有文字作品性质的计算机文档扩展至工具性非常强的源程序和目标程序；调整计算机软件作品版权的内容，对复制权、发行权、改编权等软件著作权人最关心的问题作为重点加以强调。此外，为便于明晰权利的归属，方便争议和诉讼的处理，有别于普通作品的软件登记注册制度也可以考虑采纳。

我国1990年《著作权法》第3条第8款就已将计算机软件列入著作权法保护的作品，但鉴于计算机软件作品的特殊性，该法附则第53条又注明计算机软件的保护办法由国务院另行规定。据此，国务院于1991年6月4日发布了《计算机软件保护条例》。1992年4月6日，原机械电子工业部作为计算机软件作品的登记主管机关又发布了《计算机软件著作权登记办法》。2001年12月20日，国务院公布了修订后的《计算机软件保护条例》，并于2002年1月l El起施行。2002年2月20日国家版权局又发布了《计算机软件著作权登记办法》。这些法律、法规构成了我国计算机软件法律保护的基本框架。