根据我国《商标法》第53条的规定，处理商标侵权案件的机关有工商行政管理机关和人民法院。在发生侵犯注册商标专用权行为时，被侵权人乃至任何人都可以向侵权人所在地或者侵权行为发生地县级以上工商行政管理机关控告或检举；被侵权人也可以直接向人民法院起诉，要求追究侵权人的法律责任。可供选择的商标侵权案件的处理方式有：

(1)协商解决。即在发生商标侵权纠纷时，双方当事人可以直接进行磋商，在平等、自愿、互谅互让的基础上依法解决争议。一般来说，协商解决争议是当事人在发生纠纷后首选的处理方式，不愿协商或者协商不成的，可选择行政处理与司法救济。

(2)行政处理。即工商行政管理机关根据有关投诉或者检举依法进行调查，发现情况属实的，应当责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。涉嫌犯罪的，应当及时移送司法机关依法处理。

(3)行政调解。即进行处理的工商行政管理部门根据当事人的请求，可以就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解。该调解结果不具有强制约束力，调解不成或者不履行调解协议的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。

(4)司法救济。即商标注册人或利害关系人以侵权行为人为被告直接向人民法院提起民事诉讼。