专利合同纠纷主要是指在专利申请权转让或者专利权转让合同、专利技术实施许可合同、专利技术中介服务合同中各方当事人就权利义务的履行和合同条款的解释等方面发生的争议。专利合同纠纷主要有以下几种。

1．专利申请权转让或者专利权转让合同纠纷

这类专利合同纠纷是在专利申请权转让或者专利权转让过程中发生的。引起这类纠纷的主要原因有以下几个方面：①在专利申请权或者专利权存在争议的情况下，与他人签订的有关权利转让的合同可能无效，从而给受让人造成损失，引起纠纷。②没有取得共同申请人或者共同专利权人的同意，单独将权利转让引起的纠纷。③专利权已经失效(自动放弃或被撤销或被宣告无效)，原专利权人没有及时通知受让人，从而引起纠纷。④由于双方没有履行合同义务而引起的纠纷。专利申请权或者专利权转让合同，属技术转让合同的一种，对纠纷的解决可直接按照《合同法》中关于技术转让合同的规定处理。

2．专利实施许可合同纠纷

指在专利实施许可合同中因对权利、义务约定不明确产生的纠纷。专利实施许可合同也属于技术转让合同，对有关纠纷的处理也应按照《合同法》的规定处理。

3．专利技术中介合同纠纷

专利技术中介合同属于技术服务合同的一种，它是专利代理机构、信息咨询机构、技术市场及个人为传递技术情报信息，组织工业化、商品化生产，促使专利权人和实施单位订立的一种合同。这种合同可以是专利供应方和专利需求方与中介方共同签订，或由供、需双方分别与中介方单独签订。合同建立在供、需双方对中介方绝对信任的基础上，自愿通过中介机构实施?中介服务合同纠纷是供、需双方与中介方发生的纠纷，应按技术服务合同来规范各自的权利义务及违约责任。

4．专利行政纠纷

专利行政纠纷是指当事人对专利行政机关作出的决定不服引起的争议。专利行政机关是指专利行政部门、专利复审委员会及管理专利工作的部门。对这些机关作出的决定不服的情况包括：①专利申请人对专利行政部门在专利申请的过程中作出的决定不服引起的纠纷，②专利权人对专利行政部门作出的强制许可的决定以及有关使用费的裁决不服引起的纠纷，③专利代理机构和专利代理人对专利行政部门作出的有关代理工作的处罚不服引起的纠纷。④单位或者个人认为专利行政部门的行政行为侵犯了其合法权益引起的纠纷，⑤对专利复审委员会作出的复审决定不服引起的纠纷。⑥对专利复审委员会作出的关于发明专利权无效、部分无效或维持专利权有效的决定不服引起的纠纷。⑦对专利管理机关的行政决定不服引起的纠纷，⑧各级专利行政机关工作人员徇私舞弊、严重失职的行为引起的纠纷。