合作也会产生区域创新的知识产权治理困境。专业化分工趋势要求处于产业链不同位置的区域企业必须在创新问题上相互合作,投入彼此互补的私有知识产权。这些知识产权,通过优化组合甚至组合升级,形成创新成果,即共有知识产权。因此,契约规定范围内的互补性知识产权共享是连接区域成员的纽带,而分享共有知识产权,借机提升自身创新能力是区域成员参与创新的重要动因。然而,在这个过程中可能存在一系列知识产权风险,阻碍了创新活动的有效进行。首先,国家虽然从法律层面规定了知识产权的专有性、排他性,以此保护知识产权拥有者的智力成果,但是,知识产权内含的知识具有公共物品属性,因为每一个显性知识产权在获得授权的时候必须以公开所有技术特征为前提和代价。在创新过程中,这些知识会突破产权边界限制进行扩散,从而导致了知识产权的外部性。知识产权的外部性增加了区域成员搭便车等机会主义行为的发生,部分区域成员信用缺失,不履行合作创新契约,甚至窃取对方合作契约范围以外的知识产权。潜在的机会主义行为的存在严重影响区域创新效果的发挥。其次,现实存在的信息不对称问题也容易产生知识产权风险。在区域创新组织组建和运行过程中,由于在知识产权真实性、先进性和可靠性等方面的信息不对称,导致知识产权价值界定、权利归属和分配上的不合理,追求自身利益最大化的区域成员可能会进行逆向选择,使其他合作伙伴面临知识产权流失等风险。这些风险的存在严重影响着区域企业创新行为的产生与实施。最后,创新是一个不断试错的过程,存在大量的不确定性,包括创新能否成功的不确定性,由于区域企业是以知识产权为主要资本加入创新组织的,知识产权一旦被投入,即会发生效用沉淀,形成沉淀成本,从而对区域企业进行锁定。创新过程的不确定性与锁定效应在一定程度上影响了区域企业投入知识产权的信心。

由知识产权外部性、信息不对称、锁定效应等原因引发的知识产权风险问题,大大限制了区域企业投入知识产权的积极性。这与区域创新组织要求各成员主动共享其私有知识产权的意愿相冲突,影响了区域创新组织高效、稳定的可持续发展,需要治理。政府、产业知识产权联盟等都应该在合作中发挥重要的作用。