按照欧洲委员会的说法，共同体专利的设立，并不取代成员国授予的国家专利和欧洲专利局授予的欧洲专利，而是三种专利制度并存。这样，可使专利申请人根据其需要自由选择申请成员国专利、或者申请指定数个成员国的欧洲专利、或者申请共同体专利。但是在笔者看来，三者并存的局面或许只是一种暂时的过渡安排。因为一旦共同体专利制度实施成功，它的优越性就会充分体现出来，从而势必会降低专利申请人对成员国专利和欧洲专利的兴趣。这样，共同体专利取代成员国专利和欧洲专利就是迟早的事。随着欧洲统一进程的深入和加快，这种可能性极大。

不过，也有人持与此完全相反的看法。其理由是：申请人开始申请专利时往往对其发明的商业化前景并不清楚，从而采取先在其熟悉的国内提出一项专利申请并取得优先权，再根据情况考虑在其他国家申请专利，因此成员国专利肯定将继续存在下去。至于欧洲专利，考虑到《欧洲专利公约》的成员国中，有些并不是共同体成员国，因而不可能被共同体专利所取代。①就目前的情况而言，的确如此。但从发展的观点来看，随着人们对共同体专利的逐渐认识与熟悉，随着欧盟的扩大导致《欧洲专利公约》成员国与共同体成员国的重合，上述理由将不复存在。当然，话又说回来，万一共同体专利制度实施不成功，比如开始数年难以取得申请人的信任，那么三者共存有助于避免专利保护中的大起大落局面。

在这三者共存的情况下，它们的关系是这样安排的：

1．一项欧洲专利申请不得既指定共同体，又同时指定共同体的一个或几个成员国，但可以同时指定共同体和不是共同体成员国而属《欧洲专利公约》成员国的土耳其、瑞士、列支敦士登、塞浦路斯及摩纳哥。

2．指定了共同体所有成员国的欧洲专利申请可以转换为指定整个共同体的欧洲专利申请；反之，指定了整个共同体的欧洲专利申请可以转换为一个或几个共同体成员国的欧洲专利申请。但是，一旦获得授权，共同体专利不得转换为欧洲专利，成员国专利或欧洲专利也不得转换为共同体专利。

3．同一申请人的同一项发明，不得同时受共同体专利和指定～个或几个共同体成员国的欧洲专利所保护，也不得同时受共同体专利和任一共同体成员国专利所保护。如果出现同一申请人的同一项发明以相同的申请日或相同的优先权日既取得共同体专利，又取得共同体某一成员国专利的情况，则成员国专利应当无效。但是，这里留下一个疑问：如果不同的申请人就同一项发明以相同的申请日分别取得共同体专利和某～成员国专利，这时显然不应简单地认定成员国专利无效。这样，不同的人在该成员国就同一项发明分别享有成员国专利和共同体专利，从而发生了权利冲突。对于这种情况如何处理，《共同体专利条例》中未作规定。