1．对他人进行相关科学研究的影响

一些人认为，对基因给予知识产权保护，会妨碍有关基因的科学研究。事实正好相反：第一，许多国家的专利法和一些国际公约都规定了为科学研究目的可以不经许可而利用有关取得专利的发明创造；第二，给予基因以知识产权保护可以促进有关研究成果的尽早公开和传播，从而避免大量的低水平重复研究，使得有限的科研资金可以得到合理的利用；第三，可以吸引更多的资金进入基因的研究中。

2．转基因产品的标签问题

人们担心对转基因产品如转基因药品、食品、化妆品等远期可能会出现一些副作用，因此要求对转基因产品予以特别标明。但这样做存在以下问题：一是会导致消费者对转基因产品的另眼相看或歧视；二是如何定义转基因产品的问题。例如，利用基因工程生长的甜菜加工成糖类，在饼干中加入少量这种糖，那么该饼干是否也为转基因产品，如此等等。

3．基因信息的披露问题

如果某人携有一种致病基因，在其就业、保险、婚姻等方面，能否透露其致病基因的信息。

4．对生态平衡、生物多样t'f及整个人类生存环境的影响

如果克隆出某种已灭绝的生物，是否会打破生态平衡?如果通过基因工程强化某种生物，是否会破坏生物多样性?也就是讲是否会影响人类生存的环境?

5．基因武器问题

有些疾病易于在某些族群中流行，另一些族群却对其有天然的抵抗力。如地中海地区居民患地中海贫血症的特别多。一些白种人对艾滋病毒有天然的抵抗力，而有色人种易于被感染。可能会有一些狂人利用这种差别来制造针对某个族群的生物武器。