利用现行知识产权制度保护传统知识，还面临以下实际困难：

(1)涉及传统知识专利申请的审查问题：缺少有关传统知识的文献或数据库，也没有合适的分类工具、缺少著录项目。

(2)利用数个国家或社区都存在的传统知识，需经哪个或哪些国家或社区许可，该许可对其他国家和社区的效力如何?利益如何分配?

(3)利用数个国家都存在的传统知识，如果其中有的国家不是保护传统知识国际条约的成员，如何处理?

(4)如何决定传统知识是属于国家还是属于社区甚至社区成员个人的?如果属于国家，如何授权许可使用传统知识?

(5)社区传统知识的使用费如何分配?

(6)传统知识持有人的困难：难以取得有关知识产权信息、不懂得如何有效地取得、管理、维护和实施其知识产权，也难以承担相应的成本。

存在的上述局限性和困难恰恰说明，现行知识产权制度只是保护传统知识的主要途径之一，但决不是惟一途径。因此，一方面可以发展知识产权制度来保护传统知识，另一方面寻求其他法律形式作为对现行知识产权制度保护传统知识的补充。