根据WTO协议的规定，世界贸易组织设有部长级会议、总理事会、分理事会、专门委员会、总干事、秘书处等机构。

1．部长级会议。部长级会议是世界贸易组织最高决策机构。由WTO所有成员的代表组成，至少每2年召开一次会议。部长级会议的职能是： (1)履行世界贸易组织的职能，并为此采取必要行动：(2)根据其成员的请求，在符合WTO协议和多边贸易协议决策程序的特别要求情况下，有权对多边贸易协议中的任何事项作出决定。

2．总理事会。总理事会是WTO的常设执行机构，在两届部长级会议之间主持WTO日常工作，履行部长会议的职能，批准各委员会的决议。总理事会也是WTO争端解决机构和贸易政策评审机构．它们根据不同的职权范围召开会议，在履行各自职能时由各自的主席领导，适用各自的规则程序。上述三机构由所有成员的代表组成，向部长级会议负责和报告工作。

3．分理事会。总理事会下设三个分理事会协助其工作，负责监督协议的实施。货物贸易理事会监督GA盯1994及相关协议的运作；服务贸易理事会负责GATS的实施；与贸易有关的知识产权理事会负责TRIPS协议的执行。分理事会成员资格向WTO所有成员的代表开放，并按履行职务的需要召开会议。

4．专门委员会、工作组。WTO设有两类专门委员会和工作组，分别由相应的机构授权履行职能。第一类由总理事会以及根据部长级会议决议设立的工作机构，履行WTO协议及总理事会授予的职能，包括贸易与环境委员会、贸易与发展委员会、区域贸易协定委员会、国际收支平衡委员会、最不发达国家小组委员会。此外还包括根据诸边贸易协定设立的政府采购委员会、民用航空器贸易委员会。根据诸边贸易协定设立的委员会有义务保持与总理事会的沟通，但总理事会及WTO其他机构的权力对这些委员会没有约束。总理事会下设若干工作组协助其活动。第二类是由分理事会设立的工作机构，货物贸易理事会管理的所有货物贸易多边协议，除《装船前检验协议》外都设立了相应的工作委员会(共11个)，还设立了纺织品监督机构和国营贸易工作组。它们监督各自协议的实施，向货物贸易理事会报告工作。服务贸易理事会设立了金融服务贸易委员会，具体承诺委员会和职业服务工作组。各专门委员会资格向所有WTO成员代表开放。

5．总干事和秘书处。世界贸易组织秘书处设在日内瓦，由部长会议任命的总干事和若干副总干事领导。总于事的职责和任职条件由部长级会议制定的规则确定，总干事是世界贸易组织规则监护人，通过对成员施加影响，促进规则的遵守和实施；他也是调停人和行政主管，帮助解决成员之间的争议，负责秘书处的工作，主持各种谈判。总干事根据规则决定工作人员资格，目前WTO秘书处大约有500名不同国籍的雇员。