TRIPS协议在提升知识产权保护水平的同时，也带来了消极后果．这主要表现在片面强调对药品专利的保护已经引起了在一些发展中国家的公共健康危机。TRIPS协议把专利保护范围扩展到同时保护过程和产品两方面，其实施意味着非专利药品生产今后将不再成为可能。RIPS协议进一步要求，无论药品是进口还是当地生产，都必须实行专利保护。在发展中国家，由于患者购买不起从发达国家医药公司进口的价格高昂的药品，艾滋病、结核病、疟疾等传染病的蔓延更为严重。因此，民间机构和非政府组织呼吁修改TRIPS协议，公众对TRIPS协议的批评也与日俱增，他们担心现行TRIPS协议的知识产权保护模式过于保护私权而忽视了公共利益。所有这些都导致了TRIPS协议合法性的危机。为了处理这一严重问题，2001年在多哈部长会议上通过了《关于TRIPS协议与公共健康的宣言》。宣言作出了以下规定：

1．肯定TRIPS协议和为了开发新药保护知识产权的重要性。

2．同意TRIPS协议没有也不应该组织成员采取保护公共健康的行动。

3．承认成员授予强制许可的自由。

4．肯定每个成员有权决定何种疾病状况构成TRIPS协议第31条(b)条的国家紧急状态。

5．再次肯定TRIPS协议第6条允许每个成员确立穷竭知识产权权利的体制。

6．承认一些发展中国家不能有效地使用强制许可并要求与贸易有关的知识产权理事会寻求迅速解决这一问题的方法。

7．同意最不发达国家最早在2016年之前没有义务遵守TRIPS协议关于专利和商业秘密的规定。

通过上述规定，我们可以看到，该宣言赋予了发展中国家基于保护公共健康的目的而实行情知许可的权利；赋予了发展中国家进行平行进口以保护公共健康的权利。这些规定为发展中国家更为灵活和自由地保护公共健康，帮助其国内患者获得有能力支付的必要药品提供了依据。另外，在多哈回合中，发展中国家还强调应加强保护传统知识和文化。发展中国家所指的传统知识和文化含义甚广，包括传统的关于草药的知识，也包括传统故事、歌曲、音乐、舞蹈、设计、雕刻、木制品、金属工艺、服装等等。