由于非传统商标的特殊性质，例如立体标记的三维表现形式、颜色标记的彩色表现形式、声音和气味标记的无形性、动态标记和全息图标记的非静止性，为非传统商标的注册审查带来很多程序方面的复杂问题。为了便于非传统商标的注册审查以使第三人对该标记权利范围有明确了解，各国商标注册机构制定了新的商标申请规则，但是各国的相关程序性规定也存在较大的差异。

以颜色商标为例，各国一般均要求提交颜色商标的图样、文字说明和颜色样本。商标的图样必须对用于商品的商标作出充分准确的表示，还必须有对于使用该颜色的对象物的描述。颜色商标的图样必须附有相应的文字说明，以解释该颜色以及用于商标何处。除了图样和文字说明之外，有些国家或地区如美国、欧盟和澳大利亚还要求颜色商标申请者递交有颜色的纸质样本。关于是否需要提交色谱编码，各国做法并不一致。例如英国规定申请人必须递交相应国际颜色编码，澳大利亚知识产权局并不要求也不鼓励申请者提供相应的颜色国际编码。

非可视性标记的程序规定方面，各国或地区差异很大。以声音商标为例，存在两种声音商标表达体系：美国的描述性表达制度和欧盟的图形表达制度。美国认为拟声词、音符、简单描述性说明均可满足声音标记图形表达的要求；欧盟则主张声音标记只能以五线谱或音频图方式表示。以气味标记为例，美国、澳大利亚的态度比较开放，申请人只要递交该气味的图样或图形说明即可，如果申请注册的气味商标的图样或描述不清楚时，审查员可以要求申请人提交详细的气味描述以及气味样本；欧洲法院在Sieckmann案中指出仅仅以化学式、文字、样本的方式或上述方式的综合不能满足气味标记图形表达的要求。