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    perl生成特定碱基比例的随机序列的代码

    方法一(不使用模块,by agonyr)

    复制代码 代码如下:

    #!/usr/bin/perl -w

    use strict;

    my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );
    my $length = 10000;

    undef my %hash;
    $hash{"A"} = int( $length * 0.3 );
    $hash{"C"} = int( $length * 0.3 );
    $hash{"G"} = int( $length * 0.2 );
    $hash{"T"} = int( $length * 0.2 );

    my $i = 0;
    while ( $i 《 $length ) {
        my $word = $seq[ rand(@seq) ];
        if ( $hash{$word} ) {
            print "$word";
            $i++;
        }
        $hash{$word}--;
    }
    print "n";

    方法二(使用模块,by yixf)

    复制代码 代码如下:

    #!/usr/bin/perl

    use strict;
    use warnings;

    use BioX::SeqUtils::RandomSequence;

    my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-》new(
        {
            l =》 10000,
            s =》 1,
            y =》 "dna",
            a =》 3,
            c =》 3,
            g =》 2,
            t =》 2
        }
    );
    print $randomizer-》rand_seq(), "n";

    两种方法比较

    设定长度为10000,ACGT的比例为3:3:2:2。

    复制代码 代码如下:

    withoutModule Length=10000 GC=49.42% A=2558,C=2503,G=2439,T=2500,Others=0
    withModule Length=10000 GC=50.00% A=3000,C=3000,G=2000,T=2000,Others=0

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