商标法规定，当事人在法定期限内对商标局作出的裁定不申请复审或者对商标评审委员会作出的裁定不向人民法院起诉的，裁定生效。经裁定异议不能成立的，予以核准注册，发给商标注册证，并予公告。经裁定异议成立的，不予核准注册。经裁定异议不能成立而核准注册的，商标注册申请人取得商标专用权的时间自初审公告3个月期满之日起算。该条规定将商标异议的法律效果分为两种：异议不成立，予以核准注册；异议成立，不予核准注册。予以核准注册的，异议对申请注册的商标的效力不发生影响，因此要从初审公告3个月期满之日起算商标专用权的保护时间。
另外，处于异议程序中的商标能否最后获得注册处于不确定的状态，但因为商标已经公告，其在先权利客观上是存在的，在实质审查中被异议商标可以作为引证商标驳回在后申请，或者为审查意见中的引证商标，即在后商标注册申请不得与被异议的商标申请相冲突，否则被异议的商标所有人有权针对在后商标注册申请提出商标异议。 商标异议程序主要通过公开核准商标注册的过程，发动公众的力量，纠正商标审查中的疏漏和失误，避免注册不当，减少注册争议，但是实践中商标异议的负面作用也不可忽视。由于我国商标注册审核异议程序设置于商标获得核准注册之前，给恶意异议造成了可乘之机。恶意异议指导议人为达到非法牟利的目的无正当理由提出商标异议，以阻碍他人商标取得注册。商标局对商标异议作出裁定一般要用一年半左右的时间，而商标评审委员会对异议复审作出终局裁定的时间更长，恶意异议确实可以有效地阻碍商业竞争对手在短时间内获得注册。只要花很少的商标异议规费，就可以将一个初审认定的商标推上被异议的位置，让它在异议程序中等上一年，即使异议不成立，异议人也不承担任何法律责任。这样就给不法之徒提供了方便之门。常见的恶意异议情形有以下几种： 1.将异议作为阻止竞争对手新产品市场推广的竞争手段。某饮料厂商在夏季来临之前拟推出某饮料品牌，在商标初审公告后，同行业的竞争者提出商标异议，待异议被裁定不成立时销售旺季早已结束，企业产品销路因商标未能及时获得注册而受到严重影响。
2.异议人乘被异议商标未获准注册、尚不享有商标专用权之机，大量仿冒处于异议程序中的商标而获取不正当利益。例如某企业设计使用了一个创意很好的商标，产品销路良好，引来同行业企业的仿冒。该企业遂将商标申请注册，在商标局初审公告后，众多仿冒企业提出商标异议，由于商标异议历时长，使得该企业市场份额损失惨重，在消费者心目中的品牌信誉急剧下降，待注册核准后，商家几乎失去了竞争优势。