商标注册原则是将注册程序融入商标权取得的结构中，将商标使用与注册都作为商标权的逻辑结构要素，经过使用的商标通过注册公示产生商标权。其价值有三: 其一，推定价值。商标注册后在核定使用的商品或者服务上具有专用权，可以排除任何人在全国范围内的商标意义上的使用。这种商标权效力比使用条件下以使用范围为标准来确定效力范围更强、更稳定。商标注册后可以作为其他申请人没有尽到注意义务的有关证据，从而推定其他申请人具有恶意。我国商标法虽然没有明文规定商标注册全国有效，但是在实践中，商标注册与商号登记构成鲜明对比，即商标注册具有全局性，而商号具有地域性。
其二，赋权价值。商标注册具有赋权效果是现代注册制度的创造，也是很多国家的商标法所遵循的基本原则，比如《法国知识产权法典》第L. 712－1条规定，商标所有权应通过注册获得。《日本商标法》第18条规定，商标权依据注册而产生。《俄罗斯联邦商品商标、服务商标和商品原产地名称法》第2条第1款规定，在俄罗斯联邦，为商标提供法律保护的基础是依本法规定程序办理国家注册或者俄罗斯联邦加入的国际条约。但是，这种赋权并不是对空洞的商标标记的赋权，《日本商标法》赋予商标权的前提条件是“在与自己业务有关的商品或者服务上使用商标”(第3条)。
其三，公示公信价值。注册的公示价值在于确认商标构成符合法定要素要求，明确商标载体边界，保证商标形式稳定，并将商标式样公示，形成公示公信效力。注册制度能够保护相对方的信赖，使得他人对注册商标的权利予以尊重并不妨碍个人自由。