关于注册的性质，有学者总结为三种:第一种观点认为商标注册属于行政授权;第二种观点认为商标注册属于行政确认，是对主体原本已经享有的权利的确认;第三种观点认为商标注册是一种特殊的行政确认，其特殊性体现在商标注册扩大了商标权效力的地域范围。
吴汉东教授提出了知识产权产生法律事实构成理论，以此来协调知识产权的源泉与知识产权的根据之间的关系，即知识产权的原始取得，包括智力劳动者的创造性行为(事实行为)与主管机关的确权行为(法律行为)。质言之，商标权创生于工商业经营活动，但却是根据国家主管机关的确认而产生的财产权，或者说，商标权利之源是行政机关的授予，而商标的价值之源是在市场中的使用。 正如前所述，商标是一个结构性概念，商标产生的基础必须在商标使用中寻找。行政机关授予的并不完全是商标权，也有可能是对商标图样的权利，这种图样的垄断期间虽然只有3年，但是在实践中，行政机关不会主动撤销连续3年未使用的注册商标，只在个案中有效果。我国注册制度的尴尬主要体现在这个方面。如果将使用或者有商誉的商标予以注册、赋予权利，则无论是对利益的法律确认即赋权，还是对商标权的确认，均不会损害注册制度的价值。因为无论是注册制度，还是使用制度，其最终的目标均是将商誉或者真实使用作为商标的质的规定性予以考虑，真正实现商标的功能。
由于商标图样可获得授权，未注册商标作为商标保护的政策考量就是商标权的性质以及由其决定的商标权取得与行政机关的关系。如果认为使用或者商誉是商标权的本质，注册只是行政机关的确认，那么未注册商标权当然可以对抗注册的未使用商标。如果认为注册是对权利的赋予，未注册商标至多代表着一种利益，是否值得保护则取决于司法衡量，那么商标图样的效力显然会强于未注册商标。 我国商标法已经确认了注册商标的专用权地位，这虽然为学者解释商标权作为上位概念并使得未注册商标获得“使用权”、“处分权”等权利留下了空间，但是商标权的精髓就在于专用权，丧失专用权的未注册商标实际上至多能够获得消极保护。在“红河案”中，原告并未使用注册商标“红河红”，却可以基于注册行为而对抗被告的在先使用行为，从而判决被告承担侵权责任。类似案件还有“卡通”商标侵权案， “家家”商标侵权案等。这些案件已经表明了未注册商标保护的弱势，所谓的使用权、处分权丧失了排他性的外衣，商标就是一个可以任人宰割的标记。
在我国，有权决定商标权事宜的主管机关在2001年“司法终局”之前是商标局以及商标评审委员会，而2001年《商标法》修改后，商标权纠纷案件可以由法院进行审理，这就意味着商标权可以由行政主管机关与司法机关来共同确立。这一改革虽然是迫于入世的压力，但其立法内涵至少揭示了两点:一是我国对商标权采用的是确立，而不是赋予。因为根据宪政理论，行政权只能由行政机关行使，司法机关不得僭越，而确权则可以有行政确权与司法确权之分。只有法院行使的确权行为不属于行政权，法院的确权才具有宪政基础。二是行政机关不再垄断商标权，司法机关也有商标权属的确认权。因此，我国的商标注册所体现的商标确权的权力分配政策已经发生变革，单纯的行政行为并不再能赋予商标权，只能是对商标使用利益的确认。
综上，我国的商标注册制度传统使得商标注册价值发生异变。现实中，我国的商标注册政策目标与商标确权的权力分配政策也已经发生了内在冲突。在《商标法》的第3次修改过程中，有必要正本清源，还商标注册以本相，还商标权以实在私权。