商标注册制度作为商标专有权取得的制度选择，是发挥商标区别功能，平衡保护各方利益的重要手段。
在各国商标注册制度存在地域差异性的情况下，跨国商标注册可以通过两种途径实现。一种是完全维持各国的地域性差异现状，由商标持有人自己直接向特定国家提出商标注册申请。此种情况下，能否获得注册具有不确定性，即使存在获得注册的可能，但注册程序通常繁琐费时、成本高昂。另一种途径是不同国家之间进行合作，通过订立条约构建促进商标跨国注册国际协调的制度安排，成员国以履行国际法义务的方式，按照规定的义务标准接受外国商标持有人的注册商标，限制拒绝外国商标注册的权限范围。通过这种方式，可以有效的克服地域差异阻碍，促进跨国商标注册的简便与权利获得的确定性。因此，跨国商标注册国际协调制度概念的基内涵就是为协调各国商标注册制度，促进跨国商标注册有效实现，各国通过国际条约所构建的共同遵守的商标注册制度规则。学者对对跨国商标注册国际协调制度的协调(harmonization)性质还存在不同的观点。一种基本观点是协调意味着对各国商标注册进行统一(uniform)，另一种基本观点是减少冲突而尽可能取得一致。盖勒(Paul Edward Geller)曾用“零散碎片———拼缝被子———编织毯子”(patchwork － quilt － blanket)理论解释知识产权国际保护的不同发展阶段。他的这一理论也可以用来说明跨国商标注册的国际协调制度的性质。在跨国商标开始的最初阶段，各国采取各自独立的商标注册制度，也就是完全维持商标注册地域性。在这一阶段，各国商标注册制度构成了零散的碎片，商标的注册条件完全由主权国家自行决定，同一商标在各国的注册与专有权的保护相互隔离，没有直接的关联性。与之相对的一个阶段则是完全消除各国商标注册制度的地域差异性，建立超越各国主权单一的商标注册制度，各国商标注册制度适用一致的商标注册制度，就如同一块完整无缝的毯子，此种制度下获得单一商标注册就能在所有国家获得承认，因此能够最大程度的便捷跨国商标注册，降低注册成本，保障商标专有权。这是跨国商标注册国际协调制度的终极发展目标。但是，由于主权概念的长期存在以及各国法律文化与传统的现实差异，很难预见何时能够实现这一制度目标。因此，在前述两个阶段之间存在一个无法逾越的发展阶段，也就是跨国商标注册的国际协调制度阶段。在此阶段中，各国仍保留各自独立的商标注册制度，但是也充分认识到跨国商标注册对国际经贸活动的重要作用，通过加强协调彼此商标注册的实体与程序规则，共同采纳各国一致认可的规则，以减少各国商标差异冲突对跨国商标注册的不利影响。从世界范围看，各国商标注册制度逐渐接近衔接，同一商标在不同国家的注册与权利保护密切关联。
因此，所谓的跨国商标注册国际协调制度并不是对各国商标注册制度的全面统一，建立超越国家主权的单一商标注册制度，而是通过订立一系列的国际条约逐步缩小各国商标注册制度的差异，扩大统一规则的适用，在一定范围内实现注册规则的统一，这也是本文中跨国商标注册国际协调制度的基本特征。从跨国商标注册协调制度的具体构建方式来看，可以是建立国别协调制度，针对各国商标注册制度进行直接协调，加强彼此之间的衔接。也可以是建立集中化的(centralized)商标注册制度，即建立单一的跨国商标注册制度，但是由于各国的主权问题，目前这种集中方式只能限于商标注册制度的某些方面(主要是注册程序方面)的简化，而不可能在所有方面都建立集中式的商标注册制度。