《商标国际注册马德里协定有关议定书》(马德里议定书)
略早于TRIPS协定的商标国际注册马德里协定有关议定书签署于1989年，乃是针对马德里协定存在的问题而对国际商标注册制度进行的改造，以吸引更多的国家加入马德里体系。马德里议定书自1996年开始生效，成员国数量稳步增加，目前共有78个成员。
与马德里协定相比，该议定书下的商标国际注册制度有了重大变化。主要变化之一体现在减少了对原属国商标注册的依赖，表现在:一是申请人可以仅依据在原属国国家或地区商标局的注册申请就可以申请并获得国际商标注册，二是削弱了中心攻击原则效力，根据原属国商标局的要求(如在该国申请已经被驳回，或者自国际注册日起5年内，在该国注册已失效)被驳回的国际注册申请，可在申请注册国重新注册并在申请日期上享受优先权。另一主要变化是延长了国际注册申请在申请注册国的审查时间，申请注册国可在18个月或更长时间内决定是否给予注册，并收取较高审查费用。此外马德里议定书还增加了英语与西班牙作为工作语言。马德里议定书的出现使得商标国际注册申请的提出更为灵活便利，也能够让申请注册国根据本国法律进行更充分的审查，从而消除一些国家对加入马德里协定的顾虑。马德里协定与马德里议定书共同组成了商标国际注册马德里体系。但马德里协定与马德里议定书相互独立，任何一个国家均可选择加入马德里协定，或加入马德里议定书，或同时加入该两部条约，但政府间组织只能加入马德里议定书。（根据马德里议定书第一条规定，缔约方既指缔约国，也指缔约组织。）对于同为马德里协定与马德里议定书的成员，根据马德里议定书第九条之六的规定，议定书的各项规定在同属本议定书和马德里协定的任一其他国家的领土内不具有效力，这表明马德里协定优先于马德里议定书，这一条款也被称为保障条款（马德里议定书第九条之六规定:维护《马德里协定》(斯德哥尔摩)(1)当某项国际申请或某项国际注册的原属局既是参加本议定书，又是参加《马德里协定》(斯德哥尔摩)的一国家局时，本议定书的各项规定在同属本议定书和《马德里协定》(斯德哥尔摩)的任一其他国家的领土内不具有效力。），籍以维护原属国的商标注册制度对商标国际注册制度的影响。但值得注意的是，根据2008年12月对马德里议定书的最新修改，这一保障条款遭到废除，马德里议定书优先适用于马德里协定，对同属于马德里协定及马德里议定书的成员而言，若马德里协定和马德里议定书的内容发生冲突，则适用最新的、更加灵活的马德里议定书条款。这也意味着马德里体系开始以马德里议定书为核心，弱化原属国对商标国际注册的制约影响，以利于为商标申请人创造更为公平的注册环境。尽管马德里议定书对已经存在近100多年的马德里协定进行了大量的完善性修改，但是由于在协调内容与手段方面并未出现实质性的突破，因此这种修改只属于马德里商标国际注册制度的自我完善。马德里议定书仍属于巴黎公约第十九条所涵盖的程序性国际条约，其规范内容与调整方法与巴黎公约以及TRIPS协定所针对的商标国别注册协调仍存在根本不同，TRIPS协定也未将马德里议定书作为TRIPS协定下商标注册制度的法律基础。
除上述条约之外，还值得注意的是，在此阶段以美国、英国等北美与西欧工业化国家为主的《关税与贸易总协定》(GATT)贸易法律体系也得以建立并迅速发展。GATT中也包含了一些当时商标领域条约尚未规定，但与国际货物贸易有密切联系的条款，例如与原产地、地理标志的保护有关的GATT第九条第六款，与海关对知识产权保护有关的GATT第十二条，与知识产权保护构成最惠国待遇的一般例外有关的GATT第二十条(d)款。这些条款蕴含了后来TRIPS协定的萌芽，也为TRIPS协定下商标注册制度的形成提供了推动因素。