就与马德里条约体系的关系而言，TRIPS协定下商标注册制度与马德里条约体系下的商标国际注册制度并不重合。TRIPS协定第五条决定了二者是相互独立的。（TRIPS协定第五条“关于取得或维持保护的多边协定”规定:第三条和第四条的义务不适用于在WIPO主持下订立的有关取得或维持知识产权的多边协定中规定的程序。）
由于任何WTO成员不论是否加入巴黎公约，都必须遵守巴黎公约第十九条因行使所保留的权利而缔结的相互间特别协议项下的义务，该条款为授权条款，成员有权在与巴黎公约不抵触的前提下缔结双边或多边协议。根据TRIPS协定第三条国民待遇要求，每一成员给予与其他成员的国民的待遇不低于给予本国国民的待遇，而第四条最惠国待遇要求则将这种国民待遇多边化，使得所有成员的国民在其他任何一成员域内享有同样的国民待遇，除允许的例外。第五条则排除了部分成员之间缔结或参加程序性的国际条约产生的相互之间国民待遇适用于所有成员的可能，这也包括马德里体系下的两项条约。
导致这一结果的原因在于:马德里体系下的商标国际注册制度是以大陆法系的商标注册制度为基础，难以得到普通法系国家的普遍接受。而TRIPS协定作为成员众多并以协调各国国内法为内容的国际条约，难以纳入此种制度并适用于所有成员。实际上，在TRIPS协定谈判时代，马德里商标国际注册制度并未吸引太多的国家，尤其是美国、英国等重要的国家对商标国际注册制度的排斥，也就必然导致TRIPS协定在谈判阶段就未打算将其纳入TRIPS协定之中。尽管如此，TRIPS协定下的商标注册制度与马德里体系下的商标国际注册制度也存在一定的衔接配合关系。一方面，TRIPS协定允许在同为马德里条约体系成员的WTO成员之间适用马德里条约体系所产生的条约义务关系，通过使用商标国际注册制度有利于在相关成员国的商标跨国注册。另一方面，TRIPS协定以协调成员国商标注册的实体标准为主要内容，不仅不影响商标国际注册制度的实施运作，而且各国商标注册实体标准的趋同也有利于提高商标国际注册制度的实际成效。
TRIPS协定下商标注册制度还可以借助WTO与WIPO相互之间的支持关系，利用WIPO体制的某些优势，促进自身商标注册协调制度的发展。例如，依据TRIPS协定第六十八条，TRIPS理事会在履行其职能时，可向包括WIPO在内的任何适当的组织进行咨询和寻求信息。（TRIPS协定第六十八条“与贸易有关的知识产权理事会”规定:TRIPS理事会应监督本协定的运用，特别是各成员遵守本协定项下义务的情况，并为各成员提供机会就与贸易有关的知识产权事项进行磋商。理事会应履行各成员所指定的其他职责，特别是在争端解决程序方面提供各成员要求的任何帮助。在履行其职能时，TRIPS理事会可向其认为适当的任何来源进行咨询和寻求信息。经与WIPO磋商，理事会应寻求在其第一次会议后1年内达成与该组织各机构进行合作的适当安排。此外在综合拨款法案中，专家组曾于2001年2月1日致信WIPO负责管理巴黎公约的国际局，请求获得此次争端涉及巴黎公约条款的相关历史谈判及此后发展的信息。WIPO于2001年3月2日电复信中提供了相关信息。相关信息参见:United States–Section 211 Omnibus Appropriations Act of 1998，Report of the Panel，WT/DS176 /R，para6. 1 － 6. 3。）这一优势在解决综合拨款法案中也得以体现。