本项争议涉及TRIPS协定下最惠国待遇原则的意义说明与基本认定方法，上诉机构对古巴国民作为争议商标最初原始人特殊情况的讨论，实质上也反映了相同商标的所有权在不同国家存在冲突的客观现实，本项争议也体现出WTO争端解决机构支持最惠国原则应得到严格适用的司法态度。
1.最惠国待遇的意义与认定方法
本案中，专家组与上诉机构共同认为最惠国待遇原则同国民待遇原则一样都是世界贸易体制的基石，对知识产权保护也具有重要意义，是TRIPS协定下最为根本的义务要求。
在认定国内措施是否违反最惠国待遇问题上，专家组认为可能需要在两方面有两种认定的可能性:一种是认定该措施是否给予不同成员国的国民相同待遇，另一种是该措施是否普遍适用于所有其他成员国家的行为。本案中专家组只对第一种情况进行审理，并未对第二种情况进行分析。专家组认为是否抵触最惠国待遇必须确定在知识产权保护方面，确定提供给某国国民的任何利益、优惠、特权或豁免是否未给予其他成员国国民。
2.相同或相似商标所有权人的地域性冲突
本案中欧共体提出第211节(a)(2)与(b)抵触最惠国待遇原则的观点最终得到上诉机构部分支持，原因在于欧共体举出了存在差别待遇的特殊情况，即在古巴没收资产之前，不同古巴国民分别在美国与古巴就相同或实质相似的商标取得商标权利，他们对相同或实质相似的商标分别在美国与古巴享有所有权，此两项所有权彼此独立，但第211节措施并未对其区分对待。
古巴国民在古巴注册获得商标成为该商标的原始所有人，但该商标被古巴没收，基于没收而取得所有权的古巴国民受到第211节的措施的限制，因而无法同样获得美国法对其商标的所有权的承认与实施。第211节因此保护了该商标原始所有人的利益。第211节的实质是限制因没收取得外国商标(本案中用于古巴没收资产之中的商标)所有权之人在美国法中也同样拥有该商标的所有权。由于第211节(a)(2)所限制的指定国民与特别指定国民涵盖了古巴国民与其他外国国民，因此，并不抵触最惠国待遇原则。但是在原始所有人寻求争议商标在美国的保护方面，第211节(a)(2)措施导致差别对待。第211节(a) (2)保护了被古巴没收商标的古巴原始所有人的利益，其对于该商标的所有权可以得到美国法的承认并得到实施。但是，如果古巴国民在古巴采取没收措施之前，在美国已经取得某项商标的所有权，而该商标与古巴之后所没收商标相同或实质相似，该古巴国民也是与古巴没收商标相同或实质相似商标的原始所有人，所不同的是，其所拥有的商标为美国商标。但是由于第211节措施的限制持有美国商标的原始古巴所有人，而同为美国商标原始所有人的其他国国民如果其商标也同样与古巴没收商标相同或实质相似，其所有权并不受到限制。在这个意义上，由于同为美国商标的原始所有人的古巴国民与美国国民存在差别待遇，因此对最惠国待遇原则的抵触。
因此，本案中第211节构成对最惠国待遇原则抵触的本质原因在于其限制措施未能区分对待相同或相似商标在不同国家存在不同所有权人的可能，即同一商标或相似的商标所有权并不必然归属于同一主体。第211节本意是限制通过古巴没收资产而取得商标权的主体，阻止其在美国取得该商标的注册以及获得相应保护，从而保护被没收商标的原始所有人的利益，但是其立法表述却未能排除在资产没收之前古巴国民在美国取得相同商标这一特殊情况，结果导致这一特殊情况下出现的古巴国民与非古巴国民的差别待遇。
3.最惠国待遇原则的严格适用
本项争议也说明，尽管TRIPS协定允许成员基于立法目的，采取抵触TRIPS协定商标保护具体条款的义务与巴黎公约相关条款义务的措施，但是仍不得抵触最惠国待遇原则。如对国民待遇认定一样，上诉机构在审查美国拨款法第211节是否符合TRIPS协定第四条最惠国待遇原则时，严格遵循了缘于GATT并在WTO体系中得以加强的最惠国待遇原则。尽管本案中上诉机构也同样支持最惠国待遇歧视可以通过抵消而得以消除，但是由于美国未能提出强有力的反驳或例外理由，因此，上诉机构在最惠国待遇问题上对欧共体部分支持，这也说明WTO争端解决机构在处理最惠国待遇原则方面更多考虑到是成员们应当严格的适用。