虽然我国在十多年的时间内先后出台了一系列保护原产地名称的法律法规，并对以前不足的领域和条文进行了修改和完善，对原产地名称和地理标志商标的保护产生了一定的积极作用，但在实际管理中仍暴露出许多问题。突出的问题表现在如下７个方面：
（１）权利冲突和职能重叠。当前我国地理商标可向两个行政主管部门申请注册地理标志商标：一个是国家工商总局商标局，注册原产地证明商标，或称集体商标，其实质为地理标志商标；另一个是国家质量监督检验检疫总局，注册原产地名称。例如，２００２年，受信阳市政府委托，以信阳市农业局为法定注册人，向国家质量监督检验检疫总局申请注册“信阳毛尖”茶原产地域名称保护并获批准。接着，２００３年，受信阳市政府委托，信阳市茶叶协会为信阳毛尖的注册人，向国家工商总局商标局申请注册信阳毛尖证明商标并获批准。两个行政部门发布的公告保护的地理范围相同，主体内容也基本相似，产生了同一个对象、不同的产权所有人、两个管理部门的情况。这样势必在现实中导致有利大家都去抢、无利大家都不管的结局。
（２）在实际的落实中冲淡了法律的严肃性和效力。在实际的管理中，国家质量监督检验检疫总局和国家工商总局商标局两个主管部门之间产生管理职权的重叠和权利的争夺，导致前一个法律在现实中失效，企业和行业协会寻求后一个法律保护的尴尬局面。为了增加法律上的保护力度和心理上的安全感，企业和行业协会在现实中往往是既申请原产地名称保护又申请地理标志商标保护，比如西湖龙井茶。２００１年，西湖龙井茶获得国家质量监督检验检疫总局授权的原产地名称保护，这种保护在本质上并没有起到规范市场经营主体行为的作用，假冒“西湖龙井茶”名称和误导消费者的现象时有发生，于是，杭州市西湖区龙井茶产业协会于２０１１年向国家工商总局商标局申请并获得地理标志商标保护。这与地理标志商标和原产地名称法律上的严格定义相矛盾。按照国际公约和国际司法实践，原产地名称保护的对象非常苛刻，仅仅适合于产品的质量或特征必须是本质上或者完全归因于原产地域天然和人为的因素（如气候、土壤质量、本地的生产知识），并要求整个生产过程发生在地理上的原产地，而地理标志商标的保护对象可以比原产地名称宽泛一些。也就是说，西湖龙井茶只适合于原产地名称保护，从法律上再增加地理标志商标的申请和注册，是对原产地名称法律的否定，也降低了原产地名称法律的效力。进一步讲，严格的法律保护失效后，企业和行业协会再寻求宽泛的法律庇护，其结果只能是越搞越糟。（３）同一管理部门针对同一地理商标制订前后不一致的质量标准。以涪陵榨菜为例来进行说明。涪陵榨菜于２００４年通过了国家质量监督检验检疫总局的原产地名称保护。该法规明确了涪陵榨菜的原产地域保护范围、质量技术要求、加工工艺、品质特色（包括全形榨菜和方便榨菜）和专用标志的使用。接着，２００５年国家质量监督检验检疫总局会同国家标准化委员会发布了涪陵榨菜地理标志商标的国家标准。该国家标准确定了涪陵榨菜的产地范围、自然环境、栽培技术、加工工艺（用流程图表示）、品质要求、卫生指标、检验方法等。同一个部门前面说涪陵榨菜符合原产地名称保护规则，后面又说它符合地理标志商标保护规则，那它到底符合什么规则呢？国际公约已经明确界定了这两个概念，我们在概念上却交互使用，容易让企业糊涂。再者，针对涪陵榨菜的两部法规内容存在不少相同条款，既然相同，为什么要用两部法规？同时，也存在一些不同。如在原产地域名称保护法规中，全形榨菜的加工工艺：茎瘤芥砍收经剥皮后，穿串上架，在自然风脱水７～１２天后下架，脱水率≥５８％。经三次腌制不低于３０天后达到：含水量≤８６％，含盐量１２％～１５％，ｐＨ值５～５．５。而在地理标志商标保护法规中却以流程图进行说明，流程的条款中没有出现具体的数量指标。地理标志商标全形榨菜品质要求条款指出，最高含水量，一级为７６．０％，二级为７８．０％。两部法规针对同一产品属性却制订了两个标准，企业应该按哪一个执行呢？