在知识产权创造环节的措施中，日本除强调企业的主体作用外，也强调发挥高校、公立研究机构等高科院所进行知识产权创造的积极性，认为在基础的创新性研究方面，高科院所的重要性不容忽视。日本力图通过对企业、大学和公立研究机构之间的任务分配，提高日本的知识产权创造效率，创造出高质量的创新产品。
(1)高校的科研体制改革
日本针对高校的科研体制改革表现为进一步完备高校体制，整备高校知识产权管理体制，并在知识产权创造领域，力促产学合作。高校的传统使命是科研和教育，强调学术界与产业界的产学结合，是为了使高校在科技成果转化中发挥重要作用，将创新成果回馈社会。具体措施如下:日本于1998年颁布“高校技术转移促进法”，支持各地高校的创新成果转化;在1999年颁布的“产业活力再生法”(日本版贝赫－多尔法案)中的第30条规定，由国家资助的科研创新成果，其专利权也可以归属高校;在第一次知识产权推进计划中提出，在日本国立大学内设立知识产权总部的分支机构，提供知识产权管理一条龙服务。如负责高校研究成果的专利申请和技术许可协议的签署等，并制定知识产权的各项规章制度防止合作双方利益冲突、解决研究工具开发利用等问题。
(2)产学合作的进展情况
①数据显示，自日本2003财政年度到2007年的五年里，日本政府共资助131亿日元，用于在47所高校设置知识产权管理机构，至2008年9月底，日本基于大学技术转移法，共批准设立TLO机构47所。②国家资助高校研发的创新成果的技术转移情况:首先，根据日文版的贝赫－多尔法案，日本政府承担专利研发费用的资助项目，其创新成果的知识产权几乎100%归于高校。至2007年底，96%的日本高校采取所谓的机构归责原则，同意专利的所有权归高校，而不属于大学的在职研究人员。另外，日本政府资助的经费不仅仅用于研究和开发费用，还可以用于支付专利申请费用，从而为日本高校申请专利提供金融支持。同时引入并实施德国科学技术振兴机构(JST)的制度，对于提交国际申请的专利，给予补贴。
采取上述制度后，日本高校的专利申请量从2003年的2 642件增加到2008财年的9 435件，增加约4倍。面向企业的专利转化数量也相应增加，2008年达到5 306件，是2003年的28倍。2008年，日本高校的技术转让收入为9亿8 600万日元，为2003年的1. 8倍。
③企业出资开展的产学合作:企业出资开展的高校和企业之间的联合研发创新件数从2003年的9 255件增加到2008年的17 638件。企业提供的研究经费从2003财年的268亿日元增加到2008年的476亿日元。
④日本高校创办的风险投资企业:2001年，日本经济产业省提议利用3年时间创建1 000所大学风险投资企业，至2008年，由高校科研人员建立的创业企业已达1 809所。其中利用学校拥有知识产权的专利技术创立的企业约1 100家。如图4 － 4所示。(3)日本产学合作绩效
与知识产权战略实施之初相比，日本的产学合作已经取得了显著的进步。特别是许多研究人员和高校管理者对知识产权的重要性有了深刻的认识。不过，合作的目的在于创新，在于提供全新的产品或服务。成功与否体现在大学的知识产权收入上。尽管五年间日本高校的知识产权收入增加1. 8倍，但是总额不超过10亿日元。而各高校知识产权管理部门提供的与知识产权相关的成本预算年均投入约26亿日元。2006年美国大学的专利费收入则是20亿7 000万美元，相当于2 407亿日元。即便考虑到美国1980年实施贝赫－多尔法，日本则在1999年实施这一事实，日美之间也具有相当大的差距，如表4 － 1所示。(4)日本产学合作中的问题
产学合作没能有效促进科研成果转化的实现，引发了诸多问题。
第一，作为支持产学合作的组织———日本TLO机构的经营业绩持续恶化。据日本经济产业省统计，除东京大学TLO等少数机构外，47所高校的TLO机构中，有39所处于赤字(营业收入－补贴)经营状态。特别是地方性大学，专利难以为企业所应用，因而知识产权收入甚至不抵成本。数据显示，每年技术转让件数低于10件的日本高校TLO机构有31家，知识产权收入低于500万日元的有17家。基于此，加快促进日本高校知识产权管理部门和TLO机构的重组和整合势在必行。
第二，运作资金缺乏保障，影响机构的可存续问题。虽然日本高校持有的专利数量不断增加，但技术产业化、商业化转化进程缓慢，导致知识产权收入难以大幅提高。在近期，仍然可以依靠日本政府补贴维持运转，但随着专利申请费和国际专利申请经费的大幅增加，仅仅依靠补贴，而非当初设想的依靠知识产权收入支付，将使机构的存在意义受到质疑。
第三，日本高校风险投资创业企业的经营情况也差强人意。特别是2008年全球金融危机后，这些企业资金周转更加困难，已然步入淘汰期。特别是生物、医药相关的企业，尽管拥有优势技术，但是由于当前全球普遍实施更严格的药品安全审查监管，研发周期明显延长，资金回收状况不容乐观。
(5)科技成果转化难的主要原因
日本的产学合作，按照出资机构性质大致可以分为两种类型:一种是国家资助高校科研经费，成果依据贝赫－多尔法，由高校获得专利，授权企业应用;另一种是企业根据创新需求出资与高校联合研发、共同申请专利。目前，两种类型都存在亟需解决的问题。特别是第一种类型尚待完善。
首先，两种类型面临的共同问题是从产学合作伊始，高校和产业界对专利的认识就有很大差异。日本高校实行法人化改革后，知识产权收入和专利转让费成为日本高校自有资金的重要来源，高校希望早日收回研发投资，因而知识产权定价较高。而企业在没有销售收入前，很难满足大学的要求，双方难以沟通，造成许多徒劳的谈判。可以尝试的解决方法，不在高校与企业之间展开谈判，而在高校研究人员与企业之间进行谈判，因为只有研发人员才能很好地估计发明成果商业化的可行性。
其次，根据日本文部科学省的调查结果显示，日本产业界认为日本学术界对促进科技成果转化的观念薄弱，推进速度缓慢，不如美国大学。而且国家资助产生的高校专利排他性弱，实用性较差，难以商业化。美国大学在技术转让方面相对成功，如硅谷的产学合作。加州大学(UC)的TLO机构拥有大学专利的集中管理权，并掌控校内知识产权收入的分配权，是与企业谈判的主要窗口。该机构总是尽早接触那些关注实验室研究成果的企业，在申请专利时，就考虑到未来的商业化需求，并据此提供建议。取得专利后，优先转让给已建立合作关系的企业，这种做法将高校实验室和企业联系起来，增加了成果商业化概率。从美国经验看，产学合作的成功与否主要在于高校与企业之间能否建立信任关系，开展密切合作。
再次，对于企业资助的产学合作，尽管实践中共同研究的件数不断上升，但是单件项目的资金规模较少，2008年的平均值为250万日元。日本总务省数据显示，日本企业投向日本高校的研究经费自2001年至2008年，每年增长约30%，但是投向海外研究机构的经费约为这一数字的2. 4倍。日本企业的科研经费已转向海外表明日本高校缺乏吸引企业的研究项目。
(6)产学合作的动机与日本高校的选择
①合作动机
产学合作的中心问题在于创新成果的商业化。从企业的角度，希望通过产学合作，从高校得到关于基础研究领域的技术和专利信息，应用于未来推出的新产品和新业务中，特别是20世纪90年代日本泡沫经济崩溃后，很多日资企业撤销了研究中心，企业研究集中在更加贴近商业化阶段的区域，基础研究则寄希望于高校等科研机构，尽管认为高校的研究还存在许多不足，但是企业与高校的合作在日本企业未来的管理战略中依然占据重要地位。
值得思考的是高校进行产学合作的动机与收益。日本内阁提出的知识产权战略强调高校在知识产权创造环节的功能，并从体制上为高校的产学合作提供补贴，在高校的评价标准中也列明产学合作与专利奖励等内容。但是高校缺乏专业人员从事产学合作，许多大学的研究人员不愿深入探讨企业领域的问题。
产学合作是为了促进大学的研究成果和专利产业化、商业化而开展的，只要科研创新成果没有实现商品化，企业和高校的研究都不能算是真正的成功。成果转化是最困难的创新阶段，被称为“死亡之谷”。顺利跨越这道门槛，需要大学与企业合作。如图4 － 5所示，“死亡之谷”指在创新成果从产生到实现商品化过程中，历经应用研究、技术开发、中试、商品化、市场成功各阶段，其中成果转化阶段风险最高、难度最大。②日本产学合作历史
从日本高校参与产学合作的历史看，从明治时代到大正、昭和初期，每个时期都有成功的高校研究成果，并由此诞生优秀企业。在日本专利局表彰的十项发明中有7项是高嶺譲吉、池田菊苗等高校科研人员的发明。日本京都大学的研究人员在二战后，曾积极回应当地小企业的需求，为企业提供技术指导、提供海外科研信息，并介绍高校拥有的大公司和政府部门的人脉援助企业。作为回报，企业主动为大学的科研活动提供研究材料、并协助开展实验研究。这样，经过几十年的长期互利合作，高校科研人员取得优秀的研究业绩，许多小企业也已成长为大公司。虽然在成长速度上，无法与IT资讯和生物技术领域的美国大学的创投企业相比，但这也是构筑日本特色的基于长期信任关系的产学合作的成功例子。这一类利用地域条件加深合作，在大学科研力量的帮助下，壮大本地企业的案例在日本其他地区也广泛存在，如山口大学也是如此。在解决本地中小型企业所面临的技术挑战方面，地方大学的作用似乎更大。东北大学发明KS钢的本田光太郎博士曾经说过，高校的发明应当满足行业的需求，大学的作用应当体现在促进行业企业发展上，这是高校开展产学合作的出发点。此前提到的美国加州大学的科技成果转化OTL活动的基本方针就是将为加州地区发展做贡献作为第一要务。其与企业合作的目的，不是获得专利收入，而是借助成功的产学合作，获得社会对大学研究的认可评价，从而更容易得到企业和联邦政府等部门的委托研究经费。
此外，日本高校还具备除研究人员之外的许多资源，可以用于企业的成果转化。例如高校毕业生组成的广泛的人脉网络，不仅遍布日本国内，还分布在海外高科院所，这些资源都可以应用于企业与高校之间的产学合作中。
③日本高校的选择
目前，在47所日本高校中，已经建立知识产权管理部门，是否继续经营是其面临的重要选择。可能存在三种产业界和学术界之间的合作结果:
第一种结果认为教育和科研是大学的职责所在，大学不必与企业建立联系，这样的选择对于高校发展是不利的。不仅失去知识产权收入，也错过与行业企业互动，失去将获取的行业信息用于提高大学研究水平的机会。如果将大学与产业合作交由个别研究人员与企业，容易发生违规行为，也不切实际。
第二种结果是维持现状，不做任何改变。由于基础研究成果的商业化需要很长的时间，将很难在收入方面有所改善。尽管东京大学获得了理想的知识产权收入，但是不具有普遍意义，其他高校的情形并不乐观。京都大学在日本政府的支持下，曾尝试将iPS细胞的研究成果专利化，尽管这属于全球领先的发明，却难以获得企业青睐，商业化尚且遥遥无期，知识产权收益更无从谈起。有的日本高校与当地企业共建联合研究机构，合作中断将导致整个计划需要重新开展，有的大学主要依靠一部分研究人员的成果获得知识产权收入，专利到期后，收入随之减少，乃至于无。依照现状，大多数高校很难取得持续收益。
第三种结果是努力促进产学合作，使大学成为企业不可或缺的存在。例如，在国家资助的贝赫－多尔研究型产学合作中，采用美国加州大学的做法，即以实现研究成果商业化为科研目的，按照企业需求选择研究题目，在专利申请阶段，要求企业提供有助于实现商品化的信息，获得专利后，给予该企业优先使用的权利。高校应该采用这种贴近企业的研究方式，可以委托在日本高校内设置的知识产权管理部门负责与企业洽谈，成员中应包括研究人员。因为实验室的人员更了解专利技术内容，可以在与企业的谈判中发挥作用。
④促进产学合作的措施
首先，为防止专利被束之高阁，部分日本学者主张设置专利成果转化的期限(例如设定5年－ 10年的许可期限)，到期后，大学可以自由地向第三方转让知识产权，达到充分利用大学专利的目的。还有一种观点认为，对于高校和企业共享的专利，同样应当允许自由授权给第三方，为此，该学者提出修正日本专利法第73条的相关规定。同时提出期限的设定根据行业不同应当有所差异。例如，新药从试验阶段到商品化就需要很长时间。
其次，主张设立专门中介机构从事专利生产和销售等涉及研发成果转化的中介活动。例如，某制药集团成立的从事转化高校专利的机构，在制药、生物技术领域具有很强竞争力，尤其擅长在美国市场申请专利。还有一家中介公司拥有包括国内外600家研究部门在内的广泛业务网络，完全有能力代替大学开展专利转化业务。日本高校应当积极利用这类民营企业的做法，成功实现大学专利商品化。
再次，对日本TLO机构与高校知识产权管理部门所需人才的调研结果显示，为培养专业人才，有必要改革日本人事制度，建立产学合作专业人才的职业晋升机制。同时，还要划分高校负责产学合作的内外组织的业务范围，明确职责分工。
应当看到，从日本知识产权战略实施之初到推广计划的具体执行过程中，关于产学合作体制的问题，在日本一直存在争议。争议主要集中在民营TLO机构是否应当与高校的知识产权管理部门融为一体的问题。许多日本学者认为，产业界和学术界共同参与技术转移是好的，问题是两个机构存在职能重复，合并为一个窗口，有助于简化手续、提高效率。这一问题涉及经济产业省和文部科学省两个部门，需要日本内阁进行跨部门协调。