衡量一国知识产权制度的主要特征指标是该国知识产权保护力度的强弱。强化知识产权保护可以促进技术研发，激励创新;但同时却由于赋予知识产权权利人垄断地位，而带来降低市场经济效率的负面效应。因此，知识产权保护力度并非愈强愈好。特别是随着现代科技的高度复杂化发展，创新呈现渐进型、互补性特点，对前期知识产权的过度保护可能妨碍后续技术创新，因而需要不断调整知识产权制度。日本知识产权制度即呈现出由弱到强，再到对内弱化知识产权垄断、对外加强知识产权合作的演化路径。
1. 1975年以前的弱知识产权保护阶段
日本在经济发展的早期就意识到技术进步在经济发展中的重要性，并出台了专利制度。最初的专利法是1885年出台的专利垄断条例。当时日本技术较欧美处于落后的状态，技术引进对日本极其重要，因此，当时的日本专利制度充分考虑到技术引进与技术扩散的关系。Ordover(1991)曾指出原本用于激励发明的专利制度，在当时的日本却被用于鼓励技术引进、实现技术扩散。当然，从发明源自对已有知识的积累这一角度看，技术推广与发明创新并非绝对对立，日本早期的专利制度就带有很强的从欧美引进技术的色彩。
为了顺利引进欧美先进技术，日本采取弱知识产权保护制度。如在1888年出台的专利条例中规定，限制专利保护范围、采用“先申请”而非“先发明”的专利审查原则、制定专利强制许可使用制度、规定专利授权前的信息披露义务等内容。这些措施为日本企业对欧美技术进行反向工程提供了制度保证。在弱知识产权制度保护下，日本不断追赶欧美先进技术，从模仿、改进到创新的技术发展模式一直持续到20世纪70年代中期。期间，日本企业的国际竞争力迅速提高，出口规模不断扩大，为日本实现经济高速增长提供了有力保障。
2. 1975 － 1994年，重视知识产权保护、规避侵权阶段
(1)制度调整背景
经过第二次世界大战后的经济高速增长，20世纪70年代，日本工业技术水平大幅提升，在大量引进先进技术，加以消化、改良基础上，日本成功地开发出更加适合市场需求的自主核心技术，其产品在国际市场占据的份额不断扩大，日美之间贸易摩擦显现。为此，技术出口大国———美国开始推行“亲专利”政策，要求日本等国加强知识产权保护。由此，偏重于技术引进、技术扩散的专利制度逐渐发生变化，转向重视知识产权规则、保护发明者权利、规避侵权行为方向。这一方向上的标志性事件，是在1975年修订的日本专利法中，将物质发明专利纳入专利保护对象，即不再只对化学物质和医药品等的提炼方法授予专利，对药品等物质本身也授予发明专利。较之欧洲各国，日本引入药品专利的时间更早。虽然这一修订属于顺应国际潮流之举，但引入物质发明专利，并非仅仅是迫于国际社会的压力，也是日本国内大型制药企业的诉求。在日本，从1940年至1975年35年间，仅创制了10种新药，1975年日本开始对药品施行产品的专利保护后，日本新药数量猛增，到1983年，8年间就创制出87种新药。进入20世纪80年代后，日本企业在半导体、汽车、钢铁、机床等领域的生产能力已经超过美国，显示出强大的竞争力。在这些产业中，日本企业借助对产品和生产方法的持续技术改良，通过低成本、高品质和迅捷的产品供应，不断扩大在国际市场上的份额。
此后，日本知识产权保护力度逐渐增强。尽管这一时期日本知识产权制度的修订大都是追随美国动向的结果，但是却发生在日本产业的技术实力得到大幅提升，日本企业掌握核心技术之后。因此，重视知识产权保护并没有对日本企业和社会福利造成负面冲击，反而增强了日本企业的创新意识，有力地促进日本国内知识产权创造，其专利申请量迅速跃居世界前列。
(2)调整内容
这一时期，日本知识产权制度在向加强保护方向变迁过程中，主要历经如下修订:
①出台物质发明专利。1975年日本针对药品等化学物质采取物质发明专利制度，标志着日本经济已经从依靠外国技术引进阶段，进入积极促进发明创造时期。在日本专利厅编集的《工业产权100年史》中，指出这一修订受益于日本整体技术水平的提升。同年，日本为扩大专利保护范围，还出台了复数发明制度，允许一项专利中包含多项独立权利要求，这也属于加强保护力度的举措，不过，在1987年改进复数发明的制度出台之前，这一修订在复数发明专利领域并没有取得实质性进展。
②扩大知识产权保护对象。日本发明专利的适用范围进一步扩大，1979年引进微生物专利、1980年引进转基因专利、1988年引进动物品种专利、1993年引进数学解法专利等;1987年改进“复数权利要求”制度，扩大了日本专利的保护空间。
③延长专利保护期限。专利权存续期限由自申请公告后15年或者少于20年延长至自申请公告发布起的20年时间;并且在专利制度中引进了专利权存续期间延长保护期限的有关规定，适用于两年以上的期间内无法实施专利权的情况下，由专利权人提出申请，可以以5年的期间范围为限，延长保护期限。例如由于安全保护方面的约束引起专利权无法立即实施的情形。较为典型的是药品专利的存续期间，由于药品的有效性和安全性需要花费较长时间审查、认定，相应地缩短了专利的有效期限，可以申请上述措施。
3. 1995 － 2005年，加强知识产权保护阶段
“泡沫经济”崩溃后，日本国内经济陷入持续低迷，原本在LED、半导体等产业的优势地位也受到来自亚洲其他国家和地区的挑战。为保持技术优势和产业竞争力，日本仿效美国，开始实行“亲专利”政策，全面提高知识产权保护力度。以1994年签署日美专利协议与TRIPS协定为契机，日本不断出台强化知识产权保护的措施:
(1)扩大知识产权保护领域
专利领域不断扩张。1995年出现电子货币专利，1997年出现计算机软件专利，这些大都是追随美国动向的结果，但是随着发明专利适用范围扩大，日本国内专利申请量逐渐增多。(2)扩大知识产权保护范围
自1987年日本改进复数发明制度后，一个专利中包含独立权利要求的项数不断增加。在1988年，日本规定1项专利的平均要求项数为2. 7项，2000年增加到7. 2项。改进制度的出台不仅在制度上保证了1项专利可以主张多项要求，还起到诱发主张多项要求的效果。
(3)执行层面的变化
执行力方面的问题是影响知识产权保护作用在现实中发挥效力的重要因素之一。比如，提起专利侵权诉讼后，如果需要很长时间才能得到裁决结果，并且判定救济赔偿的金额过低，专利制度的实际保护效果将受到怀疑，很难为实现创新提供最适环境。日本1998年、1999年的专利法修订就集中在执行层面的调整上。通过修订第102条、103条，提高制度的可执行性，表现为:一是具体规定对损害赔偿额的推定方法，减轻被侵权方进行侵权诉讼时的负担。修订之前，损害金额为侵权方因侵权行为获得的利益，被侵权方难以举证这一数额，证据的收集也很困难，很容易导致赔偿金额过低;二是提高赔偿金额。此外，还增加了诉讼法院、日本专利厅的人员配置，充分利用人力资源，力求裁决结果更加合理。
在修订制度的同时，日本司法执行力度也不断增强，在1998年日本最高法院对“滚珠花键轴承”事件的判决中，采用等同侵权判断五要件，明确提出，专利发明的技术范围可以扩展到与权利要求书等同的范围，之前虽然在地方最高法院的裁定中也存在基于等同原则进行裁决的案例，但是以此为裁决原则，影响深远。
(4)对强制执行裁决行为的限定
日本虽然早就有强制执行裁决的制度，但是实际上却没有启用的相关案例。这项制度的存在本身就在于保证技术转让方较之于技术受让方，处于有利的谈判地位。尽管没有以裁决形式实现非排他性许可的案例，但是提出裁决要求，随后撤销的案件自20世纪60年代以来约有23件。强制执行裁决制度原本是限制专利人权利的。限定强制裁决执行权，相当于扩大了专利人的权益，是加强知识产权保护力度的重要体现。在TRIPS协议和1997年修订的日美《裁决制度的运用要领》(1994年达成)中，都限定了裁决强制执行权。
(5)推进产学联合开展研发创新活动的措施
为促进技术成果从高校尽快向企业转化，以日本高校为知识产权创造载体，设立众多的技术转移机构(TLO)，并根据1998年高校等技术转移促进法、1999年产业活力再生特别措施法、2000年的产业技术力强化法等法律规定，对设立的TLO(日本技术转移机构)机构进行补贴，以支持该机构活动。由研发人员和国家向高校的TLO机构移交专利，纳入机构管理，并鼓励高校的科研力量从事研发成果转化工作，向企业转移研发成果，实现商业化。此后，日本高校的专利申请件数自1997年的145件，增加到2001年的552件(日本特許行政年次報告書2002年版)，自2004年日本实施国立大学法人化改革后，这一动向更加明显。(6)确立“知识产权立国”施政方针
2002年小泉内阁(2001 － 2006年)提出“知识产权立国”施政方针后，出台了知识产权基本法，并建立知识产权战略总部，再次从国家战略高度强调加强知识产权保护的重要性，同时在海外积极寻求保护日本知识产权收益的途径措施。此后，日本在海外的知识产权收入迅速增加。自2003年起，日本在包括专利、商标和著作权等方面的知识产权国际收支一直保持盈余状态。
4. 2006年至今，日本知识产权制度的新动向
这一时期，日本知识产权制度的内容被从各个角度重新修订、频繁变更，知识产权保护力度不断加强。但是，日本国内专利申请量在2005年达到峰值后，逐年下降。一种观点认为这与日本1项专利的平均权利要求项数在2008年后达到9. 8项有关，权利要求项数的增加对专利数量形成替代。还有观点认为，日本的海外专利申请量大幅上升，对其国内形成替代，是造成日本国内专利申请量下降的重要原因。特别是全球金融危机后，日本专利申请量更是出现大幅下滑。日本传统优势产业企业———电子行业巨头索尼、松下也纷纷传出亏损的消息。这些企业在音视频时代的成功反衬出其在数字时代的滞后。大量文献将这一现象归结为日本在研发成果转化方面的落后，而非技术落伍。为此，日本开始倾向于对内弱化知识产权垄断，促进研发成果转化。鼓励高校等科研机构整合海外技术资源，通过与国外公司合作，加快实现知识产权成果产业化、商业化。
为了在数字时代重新建立竞争优势，日本积极改进知识产权制度。例如，文化产业原本是日本的优势产业，但是由于在电子书籍和数字图书馆建设方面起步较晚，在文化产业的数字化和电子信息化的全球竞争中，日本并没有占据绝对优势。为充分利用互联网这一新的方式，开发日本的文化产业，日本积极改革其版权制度。
在对外投资进程中，日本更加注重保护核心技术。为防止知识产权流失，近年来日本国际专利申请件数大幅上升，而如何降低海外知识产权获取成本，成为日本运作知识产权制度面临的新课题。为缩短日本知识产权在海外的授权周期，敦促国际社会认同日本国内专利审查结果，日本政府积极开展国际间专利协调合作。加强知识产权合作是近期日本知识产权制度的主要目标。