商标使用许可合同备案手续由许可人办理。商标使用许可合同备案，许可人为国内企业的，可以通过代理机构代理，也可以直接向商标局递交申请，自行办理;许可人为外国人或外国企业的，必须通过我国商标代理机构代理。共有商标许可，需由代表人提出申请，并视为已经得到其他共有人的授权(但在合同上要有全部共有人的签字)。
备案申请需提交哪些材料:(1)填写《商标使用许可合同备案申请书》一份。无代理的，必须由许可人在申请书上加盖公章或签字;有代理的，许可人须在委托书上签字盖章。(2)许可合同副本或是经过公证过的商标使用许可合同复印件一份。(3)通过代理机构代理的，须附送一份《商标代理委托书》，申请人直接申请，未经代理的，需另外提交许可人证件复印件(包括营业执照或身份证)、经办人身份证复印件。(4)许可使用烟草商标的，须附送被许可人《烟草生产许可证》、 《烟草经营许可证》复印件。(5)缴纳备案费300元。委托商标代理机构办理的，申请人应当向代理机构缴纳备案规费和代理费，商标局收取的备案规费从该代理组织机构的预付款中扣除。(6)合同文字为外文的应同时附送中文译本。(7)许可使用商标的注册证复印件(这项不是必须的)。
同时办理通过一份合同许可一个被许可人使用多个商标的，许可人应当按照商标的数量报送《商标使用许可合同备案申请书》，但可以只报一份商标使用许可合同副本，在其他备案申请中可提交合同复印件，并标注许可合同副本原件所在的卷宗号。
同时办理通过一份合同许可多个被许可人使用一个商标的，许可人应当按照被许可人的数量报送《商标使用许可合同备案申请书》，但可以只报一份商标使用许可合同副本，在其他备案申请中可提交合同复印件，并标注许可合同副本原件所在的卷宗号。