（一）专利侵权涉及新产品方法的发明专利的举证责任倒置问题
这个问题的焦点主要集中在如何处理好证据质证与保护被告商业秘密的关系问题上。根据专利法第五十七条第二款规定，这类专利侵权案件要由被告提供其产品制造方法不同于专利方法的证明，这是被告的法定举证义务，应当严格执行。但是，在执行该项规定时，也要注意依法保护好被告的商业秘密。特别要把握好以下几点：一是要在原告完成了应负的举证责任之后，才能实行举证责任倒置。专利法第五十七条第二款虽然规定专利侵权案件涉及新产品方法的发明专利实行举证责任倒置，但并不是说原告可以不负任何举证责任，原告首先要证明被告生产的产品与自己依照专利方法直接获得的产品属于同样的产品，同时还要说明依据自己的专利方法所直接获得的产品是一项新产品。如果原告不能证明这两点，或者被告能够举出相反的证据推翻原告的事实主张，被告就不承担提供自己产品制造方法的举证责任。二是应当将被告提供的证明其产品制造方法的证据限定在必要的范围内。即以足以证明其产品制造方法与原告的专利方法不同为必要，而不是要求被告提供其产品的全部制造方法。例如，被告只要证明其产品制造方法的个别工艺步骤、化合物的个别组分等，与方法专利的某一必要技术特征不同也不等同，即为完成了举证责任。这样就可以在很大程度上起到保护被告商业秘密的作用。三是被告根据法定举证责任倒置义务所提供的证明其产品制造方法的证据应当依法进行质证方能作为认定案件事实的根据，不能以所提供的证据涉及商业秘密为由而拒绝质证。既然要质证，当然也就要将证据提供给对方，否则就无法质证。现在，有的法院不让原告接触被告的涉及商业秘密的证据，以致出现被告提供的证据的载体都有瑕疵，使得证据质证与保护被告商业秘密的关系失衡，专利法有关举证责任倒置的规定也因此而落空。当然，为了防止扩散被告的商业秘密，人民法院一定要严格依照民事诉讼法和本院司法解释规定的程序进行质证，并且可以根据具体案件采取相应的防范措施。
（二）技术鉴定问题
主要是人民法院可以委托什么样的鉴定事项。现在有一点大家已经取得了共识，就是委托鉴定的事项只能是专业技术问题，而不能是法律问题。但是在实践中，大家对什么是专业技术问题，什么是法律问题，在理解上并不一致，以致造成委托鉴定的事项差别很大，社会上议论也很多，说法院的审判权“旁落”了。专业技术人员在代替法官判案。笔者认为，什么是专业技术问题，什么是法律问题，关键是看这个问题是否需要利用专业技术人员的专业知识和经验来解决。比如，是否落入专利权的保护范围、是否构成侵权等问题，是不需要专业技术人员的专业知识和经验来解决的。但是，如果案件涉及的问题需要利用专业技术人员的专业知识和经验来解决，就应当属于专业技术问题，可以委托技术鉴定。例如，专利侵权案件中所涉及的技术特征之间的技术手段及其功能、效果是否基本相同，本领域的普通技术人员是否不需要创造性的劳动就能够联想到等问题，就需要利用专业技术人员的专业知识和经验来解决，如果法官自己不能解决，就可以委托技术鉴定。而现在有一种观点甚至认为，像上述问题也不能委托鉴定，因为专业技术人员一旦对这些问题作出肯定或者否定的回答，法院就只能作出侵权或者不侵权的判定，实质上是将法律问题委托鉴定，法院委托技术鉴定的事项只能限于鉴定客体的相同或者差异上，其他问题仍应由法官来判断。笔者觉得不能这样将问题绝对化。技术鉴定不同于检验检测。检验检测可以只就被检对象的相同或者差异情况进行简单罗列，而技术鉴定则不能这样。技术鉴定要根据鉴定对象的相同或者差异情况，分析其在技术上的意义，并作出技术上的判断。事实上，专利侵权诉讼中，法官最需要专业技术人员帮助的是利用其专业知识和经验所作出的技术上的判断，而不是一大堆的技术现象的罗列。当然，专业技术人员所作出的技术上的判断，对于法官认定侵权还是不侵权确实起着关键作用，但不能据此就认为专业技术人员在代替法官判案。鉴定意见是否被采信，判定侵权是否符合法律规定的其他要件等，都掌握在法官手里，不会产生审判权“旁落”的问题。需要注意的是，法院委托技术鉴定的专业技术问题，应当是法官不能作出判断的问题，如果法官利用自己对有关技术问题的理解就能作出判断，就无须委托技术鉴定。
（三）专利侵权的诉前证据保全问题
主要是权利人能否单独申请诉前证据保全。应当说，专利法没有规定专利侵权的诉前证据保全，与著作权法、商标法的有关规定确实不协调。最高人民法院在２００１年６月公布的《关于对诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定》中，对此作了很大突破，即允许申请人在申请诉前停止侵犯专利权行为的同时，申请证据保全，但对申请人能否单独申请诉前证据保全并没有规定。笔者认为，既然专利法和司法解释已经这么规定了，就应当按照规定办，否则就没有了法律依据。