由于知识产权侵权存在以上特殊性，在知识产权侵权诉讼中分配证明责任（包括确定证明标准）时，当然需要予以相应的考量。根据知识产权法和诉讼法的相关原理，在知识产权侵权诉讼中，适用证明责任时应考虑以下三个因素：
（1）知识产权侵权诉讼证明责任如何分配取决于知识产权权利客体的特殊性。知识产权的客体相对于有形的动产、不动产而言，具有无体性、无形性的特点，这种特性使得知识产权侵权诉讼中的侵权认定等问题较为复杂。在此类案件中，证明责任如何分配直接关系到涉诉的知识产权利益能否实现平衡。
（2）知识产权侵权诉讼证明责任分配应考虑相关实体法的价值追求。“分配证明责任不仅应当考虑程序法固有的公正与效率的价值要求，而且应当考虑实体法的价值要求，考虑如何才能使证明责任的分配原则与实体法的内在精神相一致，如何通过正确分配证明责任促使实体法宗旨的实现。”知识产权法作为保障权利人专有权的法律，其首要的价值目标是保护知识产权人的合法利益。通过保护权利人的合法利益，鼓励其继续创新并吸引更多的人生产知识产品，从而实现社会科学技术和文化的长远发展。因此，此类案件在分配证明责任时，应尽量促使该价值目标的实现。
（3）知识产权证明责任分配还应考虑双方当事人对某一事实的举证能力。在与诉讼有关的法律事实形成过程中，双方并不同时拥有所有的证据，有的证据可能只有一方当事人才有机会获得，而没有机会获得证据的人，根本不具有提供证据的可能性。对于只有一方当事人有机会获得证据的情况，当然应将证明责任分配给该方当事人。如果提出主张的一方当事人较对方远离或根本不可能占有或获得证据时，应当考虑减轻其证明责任，或由对方当事人负证明责任。