专利制度作为一种知识产权制度，其对技术创新活动的激励是以对知识产权的界定与运用为核心的。由于专利制度规定了创新者拥有RD（研发）投资产生的技术知识的专利权，确定他人对专利技术的自由使用是非法的，潜在的专利技术使用者可以通过专利许可的方式有偿地获得技术的使用权。这样专利制度就建立了专利权人对RD收益的所有关系，以及其他潜在RD受益者与专利权人的市场关系，因此专利制度包括专利产权界定制度和专利学科交易制度两个部分。此外，为促使技术信息扩散，专利制度还建立了技术信息公开制度。第一，专利产权安排机制。它是通过授予满足专利授予条件的技术知识的所有者在一定时间内的专利产权，确定创新者对RD投资的知识产权，使创新者在专利期内有权独占RD投资的收益，使RD私人收益率接近于社会收益率，从而提高RD投资的私人投资动机。第二，专利许可的市场交易机制。在专利制度下，非专利所有者可以通过与专利人的市场交易，用许可合同的方式获得专利使用权。第三，专利公开机制。专利信息公开制度规定专利权人在获得一定时间内对其发明享有独占权的同时，作为对国家的回报，必须公开其发明的技术信息，并最终使之被人们自由使用。
我国现行的专利制度还不是很完善，主要有以下几个缺陷：
（1）研发（RD）投入较低，专利创新源头不足。RD活动能力已成为一个国家和地区经济发展的核心竞争力和决定专利创新源头的基础。与世界先进国家相比，我国的RD经费支出额不及美国的1/30；与周边国家相比，我国的RD经费支出额约是日本的1/18、韩国的1/2。2000年，全国RD经费总支出为896亿元，占GDP的1%，远低于发达国家，这一指标美国为2.6%，日本为2.87%，德国为2.58%，英国为2.08%，法国为2.42%。
（2）重成果、轻专利，科技人员专利意识淡薄。据2003年中国科学院的一项调查反映，有57%的科技人员认为，申请专利不如申请院内外科技成果奖实惠；有54%的科技人员认为获奖比取得专利权光荣。据国家知识产权局统计资料，我国赶超世界先进技术水平的“863”计划实施10年来，共鉴定成果1 200多项，发表论文2万多篇，但申请专利的只有240多件。
（3）专利申请数量少，创新水平低。日本每年发明专利申请达40多万件，美国20多万件，德国15万多件。IBM、杜邦、日立、飞利浦等大公司，目前拥有有效专利数万件，每年的发明专利申请就上千件，有的高达1万多件。如此多的有效专利成了他们雄霸国际市场最重要的资本，而我们全国上千万个企业、5 000多个县级以上的科研单位、1 000多所高等院校全年的发明专利申请数只相当于国外一个公司的申请数，差距非常大。
（4）专利激励机制不完善，产权流失严重。有人估计在过去15年的时间里，我们国家将13万项发明无偿地“奉献”给了世界各国。
（5）自主知识产权少，出现受制于人的局面。在一些重要的高新技术领域，国外的知识产权运用技术和产品已对我国形成包围态势。据统计，在1994年至1998年我国受理的有关计算机、医药、生物、通信和半导体等高技术领域的发明专利申请中，国外申请分别占70%、61%、87%、92%和90%。
（6）企业专利工作落后，在竞争中处于不利地位。2000年全国企业专利申请总量约为45 8 62件，若按全国有1.5万家国有大中型企业计算，平均每个企业年申请量仅为3件。以日本日立公司为例，该公司1996年申请专利1 800余件，平均每天5.1件。
（7）专利交易障碍大，交易成本高。在我国，专利实施过程中专利管理和制止违反合同及侵权的费用十分高昂。高昂的交易费用毫无疑问将阻碍知识资产的使用、消费，影响知识产权的分配效率。
（8）专利技术产业水平低，产业化环境有待改善。据世界银行估计，中国的科技成果转化率平均只有15%，专利转化率只有25%，专利推广率在10%～15%上下浮动，而日本等发达国家科技成果转化率高达70%～80%。
基于以上这八大缺陷，我们提出了以下的几项措施：
（1）强化战略意识。国际竞争将是科技竞争，而国际经济竞争中所产生的摩擦，也将以科技专利或知识产权的摩擦取代关税贸易形式的摩擦。如果没有自己的技术，没有自主知识产权，则难以参与国际竞争。
（2）建立激励机制。落实专利技术作为生产要素参与分配的政策，采用和创立灵活多样的分配方式，例如期权、技术入股、优先购股权试点等。
（3）培育创新主体。将专利管理贯穿于技术创新全过程，迅速地、大幅度地提高企业运用专利制度的能力和专利保护的水平，使企业成为技术创新决策、投入、承担风险和获得收益的主体。
（4）完善风险机制。目前专利转让和许可的信息成本与交易成本较高，加之信息的不对称，导致许多潜在的投资者缺乏对专利技术投资的能力和机会，阻碍了社会资本流向最有价值的地方，也阻碍了资本增值的最大化。必须拓展新的融资途径，大力发展风险投资，分散和降低专利技术产业化的风险。
（5）优化交易环境。优良的交易环境由四个方面组成：一是法制环境。要加强保护知识产权的执法力度，用巨额赔偿打击专利侵权行为，有力地维护专利权人的利益。二是舆论环境。营造尊重知识产权、保护知识产权的舆论环境，提高全社会的专利意识。三是服务环境。通过为创业初期的科研开发人员提供多方面的综合性服务，促进科技成果迅速转化为商品并形成产业。四是信用环境。
（6）培植实施载体。一是以大学、科研院所和大企业的实验室和研究开发中心为依托，建设源头创新载体。二是完善创业中心体系的建设，推进专利成果的转化，强化专利技术的成果孵化载体。三是依托国家高新技术产业园区和产业化基地，强化RD活动的专利知识产权产业化载体。四是集中力量提高产品技术含量，铸就一批拥有自主知识产权、达到国际先进和国内领先水平的产品，强化专利产品载体。