日本商标制度已延续一百多年，最早期的商标注册可追溯到1899年，其间为适应社会的发展、经济的需要，日本商标制度经过不断完善和充实；为适应现代化的需求及经济全球化的趋势，对商标法的补充和修改更加频繁，就是在这种历史进程中形成了独具特色的日本商标制度。
日本现行的商标法是1959年颁布的，后来，由于它不能很好地应用和服务于社会不得不于1978年对它进行修订，于2000年又对商标法做了修订。根据日本现行的商标制度，日本商标的专有权仅能通过注册获得，两个以上相同或相似商标由不同的所有人申请注册时，先申请者获准注册。对申请案要实行形式审查。日本不允许作为商标获得注册的标记，除了《巴黎公约》最低要求中的一般规定外，还有：与一切非赢利社会团体所使用的名称、标示相同或相似的标记；与按照《农业种植法》登记的名称、并且使用于种植或类似商品上的标记。一般来讲，日本允许把地名作为商标申请注册，但偏僻、少见的地名、在贸易活动中与已取得“第二含义”的地名，或江河名称，则可以注册。不过，如果有关的江河的流域正好是注册中的商品的产地，则特许厅不会批准其注册。
特许厅受理立体商标始于1997年4月1日，与商标有关的立体商标图形、因无显著性，一般不会被核准注册。但商标上有文字，能够区分的，虽然其立体图形部分缺乏显著性也应被核准。申请立体商标时，申请人必须提供不同方向的图形来取立体构成及形态，或提供立体商标的照片。
1997年日本修改商标法确立一表多类申请，废除联合商标注册。对于同一申请人来说，相同的商标可以同时在不同的商品类别上申请，这样申请费用低。但是，其中有一个类的商标被驳回，其他几个类的商标有可能都被驳回，如未被驳回，虽然不必重新申请，但要进行分割，并交纳一定费用，则申请的费用反而更高。
日本规定商标注册的条件是：①商标申请人必须有对商标的使用意图；②必须与他人在先商标在商品或服务上有区别；③不能与国旗或国际联合等公共机关的徽章相同或近似；④不能违反公共秩序和风俗习惯；⑤不能造成对商品质量或服务质量产生误认；⑥不能与他人的权利或业务有关的商品发生混淆。这里说的他人的权利是指他人的肖像权或姓名权、他人在先注册的商标权以及他人未注册但已为人所周知的商标。
商标申请一经受理，即进入形式审查和实质审查程序。对申请商标的审查期限约6个月至2年甚至达2年半，按照国际注册马德里协定的规定应当限定在18个月之内，因此。日本准备向国际标准靠拢，实行12个月的审查周期，经过实质审查的商标，被判定为不能进行注册的，特许厅将驳回理由书面通知申请人，申请人如对驳回理由不服的，可以在指定期限内向特许厅提交意见书。意见书的内容只能对指定商品提出删除，对商标不能修改，商品也不能增加。特许厅接受申请人意见的，则取消驳回理由，商标进行登录设定。意见未被特许厅受理的即被驳回。对审查未发现问题的和驳回理由被取消重新核准的商标，都进入注册登记阶段。商标注册后，特许厅发给注册人统一格式的商标证。但注册证不具有法律效力，只起一个通知的作用。如果发生侵权问题，需要提供书面法律证明时，只能到特许厅办理有关手续，由特许厅将原件复印加盖公章才是证明商标权的有效条件。
日本的商标制度对哪些行为构成侵权商标做出了规定，即：①未经许可而使用他人的注册商标或与其相似的商标；②为分销、提供分销等目的而占有带侵权商标的商品；③出售带侵权商标的商品；④为其他人使用侵权商标创造条件（即共同侵权）；⑤为他人出售带了侵权商标的商品创造条件（也属于共同侵权）；⑥专门为制作带有侵权商标的商品而制造、进口或销售其他产品（也属于共同侵权）。侵权人不仅要负民事赔偿责任，还可能被处以达50万日元的发进货五年的“惩役”（即监禁加强制劳动），最严重的可判10年“惩役”。这在世界各国的商标法中，量刑是较重的。商标诉讼的程序与受理机关，与专利诉讼完全相同。
日本注册商标可以作为产权转让。如果商标注册时指定使用的商品有两种以上，商标权可以按不同商品分别转让。但联合商标中的任何部分均不能单独转让，而只能把联合商标作为一个整体转让，防护商标也不能单独转让，而必须同与之相关的“主注册商标”一道转让。除了进行遗产继承的情况外，商标转让活动如果不在特许厅登记则无效。在特许厅登记之前30天，转让人必须在报纸上公开刊登转让声明——可以在一般报纸上，也可以在《通产省公报》上。但如果在一般报纸上则必须是日报，而不得是周刊或其他定期出版物。为公共福利而设立的非赢利企业的商标，只有同企业本身一起，才许转让。
注册商标的使用许可证也必须在特许登记后才有效，但不必登报。分独占许可证的被许可人如果在特许厅登记过，就有权排除在他人之后获得独占许可证的人对自己使用商标的权利造成任何妨碍。
日本是《商标国际注册马德里协定》的成员国，此外还参加了《制裁商品来源的虚假或欺骗性标示马德里协定》和《尼斯协定》