(一)注意搜集在先使用证据，降低赔偿风险
不管是从诉讼或风险防范的角度，搜集、保留证明自身不具恶意的证据是排除成立恶意侵权的关键。商标已在先申请的状态可能由于各种原因不能被发现，但往往申请人在申请之后获得商标权之前就会实际使用商标，典型如其宣传行为、销售行为。细言之，如公开的、大量的广告投放行为或在实体店、网络店铺存在一定规模的销售记录。如果出现上述情况，则很难认为在后使用人不知道在先申请人的存在，则判定在后使用人存在恶意的可能性就非常大。如出现上述情况，在后使用人应当暂停对标的商标的进一步投入，尽早与该在先使用者沟通了解其是否已经申请商标注册，如存在在先申请行为并且先申请人还实际使用了商标，则很难排除在后使用人不具恶意。
(二)利用拒绝侵权禁令救济制度，保证商标继续合法使用
在判断是否构成知识产权侵权时，主观上是否具有恶意并不是侵权的必要构成要件，但其却为是否需要进行赔偿、是否适用禁令的重要权衡依据。在我国司法实践中也存在一些法院拒绝发布禁令救济的专利侵权案件。如著名的微信商标案中，一审判决法官之所以依据《商标法》第十条第一款第(八)项，认定在先申请行为具有“其他不良影响”的情形，否定原告在先申请利益。二审法院虽否定了适用公序良俗申请条款的适用，但却用缺乏显著性否定了原告利益，推其根源都是源于腾讯公司毋庸置疑的善意和前期巨大的对商标价值的投入。这是构成得以继续合法使用商标的重要因素。我国在证明构成拒绝侵权禁令方面尚没有明细的证明标准，可以借鉴美国相关经验。2006年的eBay专利侵权案是拒绝禁令救济的典型案例，联邦最高法院将衡平法的规则直接造用于该案中。即使被诉侵权行为成立，也不意味着原告一定能够获得禁令救济，发布禁令之前，法院应当考虑此等因素，如原告是否因此遭受了难以弥补的损失、原告的损失是否可用金钱赔偿弥补、发布禁令是否会损害公共利益及发布禁令对双方的利弊等等。需要注意的是，上述因素没有一个可以单独成为决定性因素，而需要法院综合权衡。在后使用人应按照上述因素清单尽量收集相关证据，以证明禁令发布的不合理性。
(三)商讨建立商标共存模式，实现双方利益共赢
世界知识产权组织(WIPO)指出，“商标共存是指两个不同的企业在同一种商品或服务上使用相同或近似的商标而不必然影响各自商业活动的情形。”我国目前的立法和司法现状中对商标共存这一法律问题较为模糊，并没有作出明确的规定。学界通过对比分析和类型化研究对商标共存的认定因素进行了归纳，可资参考。首先是混淆可能性，其在共存判定中起到非常重要的作用，但应当明确混淆并不意味着不能共存，如果存在特定的历史原因，使用人善意并长期的使用商标的，商标共存应当容忍一定程度的混淆；第二是特定历史的条件，应当考察该商标的具体使用时间、具体使用的地理区域、商誉的大小和客观市场的划分。第三，是否不具加害的故意。此处的判断过错的标准应当采用恶意加害说，因为恶意加害说不仅考察商标使用人是否知晓，还在知晓的基础上进一步考察是否有有损害他人商誉的故意，是否有搭便车和攀附他人商誉的故意，当存在这些故意时才应当判定侵权。最后，商标共存协议的效力，注意避免存违反合同法强制性规定。基于以上四点尝试订立商标共存协议，在双方都获得商标权的基础上实现共赢，相比于传统的支付许可费方式更为经济。