受到传统管理方式的影响，许多中小企业的管理者认为商标注册需要牵扯大量精力，不愿花费大量时间和资源在商标注册和后续管理上，始终执着于企业的利润、有形资产的管理。对于中小企业而言，商标战略实施不可缺少，但在商标战略实施中，中小企业经常遇到许多问题。
首先是中小企业所带来的问题，一方面，中小企业雇用人数与营业额不大，在经营上多半是业主直接管理，受外界干涉少，并且由于自身规模小，人力物力不足，难以同时开展多条战线，而在一类产品上又不能与许多知名企业相抗衡；另一方面，在实践中中小企业的管理者常常身兼研发、管理、营销数职，当有优秀的产品诞生，能不经冗长争论就做出决断，使企业在初期得以迅速扩张，但此时若不能做好商标运营工作，加深自家商标的影响力，就可能会被其他同类产品替代，或者被后来进场的大型企业碾压。
第二，中小企业经营者常常采用消极不作为的商标战略。虽然注册了商标，但只把它作为形象工程，注册完以后就搁置一旁，或者由于缺乏运作商标的经验而导致商标闲置。这种管理方式不利于企业的长期发展。
第三，中小企业们经常会接代工其他业务，即所谓“贴牌”，知名企业为了弥补产不足，经常将一部分生产业务转让给中叶企业来做，使得中小企业虽然申请了注册商标，但由于旗下产品都是为其他企业代工的产品，所贴的都是其他企业的商标，导致中小企业本身的商标无用武之地。例如“南极人”商标，该商标的持有企业将“南极人”商标同时授权给了十几家企业生产贴牌“南极人”的内衣产品，只是从营业额中收取部分利润，这导致许多良莠不齐的企业同时生产“南极人”内衣产品，消费者们却不知道哪一款“南极人”质量更好，品质更优，不 但没有发挥出商标的作用，还使得被授权的企业中更优秀的那一部分企业无法发挥优势，贴牌生产的企业长期以来为其它企业生产加工产品，势必会减弱企业自身的市场竞争优势，制约了本企业商标的培育，阻碍企业的发展。
第四，在企业实际经营中，中小企业经营者的商标法律意识薄弱，没有足够的防范意识，商标侵权现象经常出现。例如，在商标注册方面，一部分企业一直使用该商标，便认为该商标属于自己所有，没有进行商标的注册，导致被“有心人士”抢先注册。在企业对商标的自我保护方面，由于在经营管理中没有及时采取预防措施，一旦商标受到其他企业或个人的侵犯时就比较被动，耗时又耗力。而且有相当一部分企业在商标受到侵犯时，都不积极采取措施保护本企业的商标，只是依靠司法机关进行商标保护，这种行为很有可能丧失维权先机。