总之，在2004年、2007年颁布的“两高”关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的两部司法解释实施后，前述《追诉标准》第60条规定的前三种情形由于与后来生效的司法解释抵触而不再适用，如果侦查机关仍然以此作为立案追诉的标准，将有较多的假冒注册商标的犯罪无法追究刑事责任，而假冒未注册的驰名商标和人用药品商标的行为将被错误立案。未抵触的第四种、第五种情形作为“其他严重的情形”的特殊表现形式仍然可以适用。
关于本罪规定的“情节特别严重”，根据2004年12月8日“两高”《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第1条的规定，是指具有下列情形之一:(1)非法经营数额在25万元以上或者违法所得数额在15万元以上;(2)假冒两种以上注册商标，非法经营数额在15万元以上或者违法所得数额在10万元以上的;(3)其他情节特别严重的情形。
(1)非法经营数额的理解
在本罪的犯罪情节中，司法解释特别在“非法经营数额”上做了特别规定，以作为适用轻罪还是重罪的依据。根据“两高”《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第12条的规定，这里的“非法经营数额”，是指行为人在实施侵犯知识产权行为过程中，制造、储存、运输、销售侵权产品的价值。已销售的侵权产品的价值，按照实际销售的价格计算。制造、储存、运输和未销售的侵权产品的价值，按照标价或者已经查清的侵权产品的实际销售平均价格计算。侵权产品没有标价或者无法查清其实际销售价格的，按照被侵权产品的市场中间价格计算。多次实施侵犯知识产权行为，未经行政处理或者刑事处罚的，非法经营数额、违法所得数额或者销售金额累计计算。
这里要明确几个概念之间的差别。非法经营数额不等于销售金额，销售金额是指销售假冒注册商标的商品后所得和应得的全部违法收入，即生产者、销售者出售产品后所得和应得的不再扣除成本及各种费用的全部违法收入。“所得收入”指出售商品后已经得到的违法收入;“应得收入”指商品已售出，按照合同或者约定将要得到的违法收入。非法经营数额包括销售金额，也包括尚未售出部分商品的货值金额。对于假冒注册商标罪而言，行为人在自己生产、销售的商品上使用与他人注册商标相同的商标，目的是使商品进入流通领域，而司法机关在查获该行为时，其商品可能售出也可能尚未售出，但不论是否售出，均不影响非法经营数额的计算。对已售出的商品计算其销售金额，对尚未售出的商品金额按商品的标价计算，没有标价的，按同类产品的市场价格计算，两者相加即为非法经营数额。由此可见，非法经营数额的范围大于销售金额。用“非法经营数额”来作为认定情节是否严重的标准，更好地体现了犯罪的本质，比采纳销售金额和违法所得额标准更加科学。因为犯罪的本质是行为对法益的侵害，评价一个行为是否构成犯罪的标准，是行为侵害了多大的法益而不是行为人获得的利益是多少，即使行为人什么都没有得到，他对法益的侵害也是确实存在的，未得到利益无法抹杀该行为的社会危害性，因而也不应影响定罪与量刑。
非法经营数额是指行为人在实施侵犯知识产权行为过程中制造、储存、运输、销售的侵权产品的价值。在司法实践中，对于非法经营数额的计算标准一直存在分歧，主要分歧是应该按照侵权产品的销售价格计算还是按照被侵权产品的市场价格计算，因为两种不同的计算方法会对同一行为带来完全不同的法律后果。前述2004年“两高”《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第12条规定“非法经营数额”计算的三种方法，我们认为以上计算标准基本上是反映了本罪行为的社会危害性的，理由如下:第一，营利型犯罪行为人的非法收益一般是指其实施犯罪所获得的实际收益，侵权犯罪的非法经营数额一般是指行为人实施侵权犯罪行为中制造、储存、运输、销售侵权产品的价值，而不是被侵权产品即真品的价值。第二，以侵权产品的实际销售价格计算并不是完全否认按真品价格计算。如果侵权人以真品价格销售侵权产品的，就按照真品价格计算;如果侵权人以高于真品的价格销售的，就按照实际销售价格计算，这样既对权利人更有利，也对侵权人公平、合理。第三，对于假冒注册商标的商品没有标价同时又难以查清实际销售价格的，有人主张参照被假冒商品的市场中间价格计算，但这样会出现假货以高于市场中间价卖出去并实际危害社会的，其数额计算标准反而低，而假货按低于市场中间价出售但没有卖出去也没有对社会造成实际危害的，其数额计算标准反而高的尴尬局面。有人认为，对于这个问题可以按照国家计划委员会、最高人民法院、最高人民检察院、公安部1997年4月22日联合发布的《扣押、追缴、没收物品估价管理办法》的规定，委托指定的估价机构对假冒商品的实际价值进行评估，以评估的数额计算非法经营数额，①但这种方法在实践中可操作性较差，不仅因为社会上的评估机制很不完善，难以避免评估中的干扰，而且，假冒注册商标的商品的实际价值和市场价格背离很大，往往难以准确评估。权衡利弊，我们认为，对于确实查不清实际价值的假冒商品，行为人有义务举证证明假冒商品的价值和市场价格，对于拒不举证或举证不实的，再依照前述司法解释参照被侵权商品即真品的市场中间价格计算。