（一）二者的区别
1．客体不同。假冒注册商标罪所侵犯的直接客体是国家商标管理制度以及注册商标所有人的商标权。生产、销售伪劣产品罪所侵犯的直接客体是国家产品质量监督管理制度、市场监督管理制度以及消费者的合法权益。
2．客观行为表现不同。假冒注册商标罪体现的是行为人未经注册商标所有人的许可，在同种商品上使用相同商标。生产、销售伪劣产品罪体现的是行为人在产品中掺杂、掺假，以假充真、以次充好或者以不合格产品冒充合格产品。
3．犯罪对象不同。假冒注册商标罪的犯罪对象是他人的注册商标。生产、销售伪劣产品罪的犯罪对象是伪劣产品。后者必须是就产品质量而言，杂、假、次或者不合格。而前者不要求产品质量问题，即使质量优于原注册商标的商品，仍然符合假冒注册商标罪的构成要件。
（二）二者的罪数
1．行为人生产伪劣产品时，未经注册商标所有人许可，在同种商品上使用了相同注册商标。对此存在四种不同观点：（1）数罪，应当数罪并罚；（2）符合牵连犯，应当从一重罪处罚（也有学者指出应当数罪并罚）；（3）符合想象竞合犯，应当从一重罪处罚；（4）符合法条竞合，应当按重法优于轻法的原则选择适用法条。
笔者认为正确处理二罪的罪数问题，核心是判断行为人具体实施了几个行为。首先，行为人在生产伪劣产品过程中假冒他人注册商标，其主观目的都是为了牟利，假冒注册商标是为了更高效地售出伪劣产品。在上述行为过程中，需注意行为人的生产行为与假冒行为实际上是一个过程，生产包含的不仅是对原材料的加工，也包含对产品的包装，生产行为的完成要求假冒行为的完成。此时的假冒注册商标行为无法被剥离出来单独评价，实际上仅有一完整的生产行为。其次，在认定仅有一行为的情况下，既可能是想象竞合也可能是法条竞合，二者的区分核心是看存在竞合的法条之间是否存在必然的重合或交叉关系。因为行为人在生产伪劣产品过程中不必然实施假冒注册商标的行为，同样行为人在实施假冒注册商标的行为时不必然生产伪劣产品，因此不存在必然的重合或者交叉关系，应当适用想象竞合犯的原则，从一重罪处罚。
2．销售伪劣产品的行为人所采购的伪劣产品本身就是他人已假冒注册商标的商品。此种情况与前述第一种情况相同，应当适用想象竞合犯的原则，从一重罪处罚。
3．销售伪劣产品的行为人采购伪劣产品后，自行在上述产品上从事使用假冒注册商标后销售的行为。在此种情况下，行为人明显具有两个独立行为，一是假冒注册商标的行为，二是销售附有假冒注册商标的伪劣产品行为。行为人的销售行为实际是假冒行为的目的行为，二行为间具有手段行为与目的行为的牵连关系，且触犯了不同罪名，笔者同意通说，应当适用牵连犯的原则，从一重罪处罚。