(一)立法空缺
混淆理论是商标保护的基础理论，我国商标法在第三次修改之际，已经明确将混淆可能性规定为商标侵权判定的构成要件，具有十分重要的意义，但是对于混淆本身没有进一步进行明确定义。可以说，对于传统混淆而言，我国商标法已经在立法层面上提供了较为完善的法律适用基础，但是针对新型的反向混淆而言，立法上基本没有明确规定。由于反向混淆的特殊性，不宜简单套用传统混淆理论的规则，所以有必要在立法上适当明确反向混淆的适用规则。
(二)司法适用模糊
正如文章开头就已经提及的司法实务中的实际情况，尽管反向混淆目前还未得到立法层面的支撑，但是司法实践中已经不乏适用反向混淆来解决案子的需求。正是由于理论层面的断层，反向混淆在司法实践中暴露出很多问题。
首先，司法实践中还未形成较为明确和统一的反向混淆侵权的判定标准，更多的是模糊适用反向混淆理论，只是在讨论被告的侵权方式时认定该行为是反向混淆，或者简单套用传统混淆理论的规则，一般是以《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第9条、第10条和第11条的规定来加以模糊性的适用和判定，但是反向混淆有着与正向混淆不同的构成要件，其具体的判定标准应该有所不同、有所侧重。
其次，司法实践中判定侵权时过度考虑商品和商标的固有相似性，忽略了消费者实际混淆可能性的问题。导致混淆可能性的发生存在着诸多因素，商标相似性和商品类似性这两个因素应该作为判定是否导致商标混淆的参考因素，而不是简单的围绕这两个指标粗暴的认定混淆成立，特别是反向混淆存在着诸多有异于传统混淆的地方，应当综合考量诸如商品的销售渠道、消费者的谨慎程度等多种因素判定是否构成侵权。
此外，司法实践中涉及反向混淆的案件中赔偿金额的确定存在一定的不合理性。我国商标法对于侵犯商标专用权的损害赔偿金的确定规定了四种计算方式并明确了适用的先后序位，但是由于反向混淆的损害后果具有隐蔽性，商标权人的实际损失通常难以确定，所以通常会以侵权者的所得利益来确定赔偿金，然而该所得利益并非完全得益于在先商标使用人的商标，容易过分加重对侵权者的处罚。