1 高校及出版单位对商标知识产权保护的不够重视
高校对学校科技成果的专利保护现在已经得到了比较充分的重视，成立了知识产权办公室管理，但对同样属于知识产权保护范畴的商标保护还没有引起足够的重视。特别重要的一个原因是，高校期刊的出版单位都不是独立法人，期刊编辑部只是学校的一个行政部门，而且高校成立的知识产权办公室也没有将其纳入到管理体系之中。
2 刊名的唯一性、刊名与注册商标的相似性容易引起管理者误解
自1987年国家新闻出版总署要求期刊重复刊名更名以来，在期刊正式出版物中重名现象不复存在，所以容易引起管理者的疏忽而认为是唯一的。作为期刊的“名称”的刊名与作为“商标”刊名往往是同一名称，但二者在保护范围上全然不同。期刊刊名仅受《出版管理条例》《期刊出版管理规定》保护，是一种行政审批下的排他性保护。而刊名注册商标受《商标法》保护，是一种法律性保护，其保护范围远远大于《出版管理条例》。当然还存在一些管理者没有意识到符合商标法规定的期刊刊名是可以注册为商标的。
3 登记机关和登记权限不同
依据《出版管理条例》设立的《期刊出版管理规定》，“期刊由依法设立的期刊出版单位出版。期刊出版单位出版期刊，必须经新闻出版总署批准，持有国内统一连续出版物号，领取《期刊出版许可证》”，期刊的刊名和国内统一连续出版物号由国家新闻出版总署批准，是一种强制的审批制度。《商标法》规定了由“国务院工商行政管理部门商标局主管全国商标注册和管理的工作”，即统一注册。但注册与否取决于出版单位的自愿，实行的是自愿注册制度。国家新闻出版总署、国务院工商行政管理部门商标局，这两个不同部门和不同层级的行政机关分别实施的行政审批行为，必然会发生被批准的刊名名称与注册商标的冲突与矛盾。