我国在利用外资中对知识产权保护范围是比较广泛的，但是知识产权由于其形态的无形性和价值的不确定性，在外资投资中存在一些特殊性：(1)出资方以知识产权所有权转让方式出资。要求出资方对于该知识产权必须依法拥有出资入股的所有权，保证被投资的企业拥有该项知识产权的绝对抗辩权，避免事后可能出现的法律纠纷。(2)出资方以知识产权的使用权出资。根据具体许町方式：①独占许可，出资者必须承诺，不得再以该知识产权向第三人投资，自己也不得使用或许可他人使用该项知识产权；②排他许可，投资者可以与被投资的企业同时使用该项知识产权，但必须承诺不得再许可任何第三方使用或投资；③普通许可，投资者保留自己使用、许可他人使用、向第三人投资的权利。用知识产权的使用权出资，从理论上存在着权利的前提缺陷，因为知识产权的使用权只是一项债权，权利的完整实施还有赖于知识产权所有人的支持和帮助，因此它权利的不完整性使它是否可以作为一种投资入股的客体在认识上存在分歧，我们法律目前为止并没有作出明确的规定，在实践中则默认了这种出资方法。(3)以知识产权的申请权出资人股。主要指专利申请权，这是一项有权申请专利的人向专利局请求授予某项发明创造专利权的权利。《专利法》规定专利申请权可以转让，使得实践中出现了以专利申请权出资人股的现象。但是专利申请权只是一种获得专利保护的可能性，申请人并不享有所有权人享有的排他权，也就无法保证这项可能具有未来价值内容的权利的稳定性，所以它不是知识产权，在当前的外资利用中应该坚决予以杜绝。总之知识产权的出资方在出资时应作出承诺，一旦出资方的知识产权投资作价不实或出资后因出资方原因，该项知识产权被依法宣告撤销和无效时，知识产权出资方必须补足其出资，并承担相应的财产责任。
知识产权的价值评估是投资中的第二个问题。即使在进行了多年知识产权评估的发达国家，其权威机构也曾经声明：“无形资产的评估尚未有任何可以被人们一致接受的方法。”因为知识产权特有的无形性、独占性、地域性、时间性等特征，以及使用中的独占许可、排他许可、普通许可和交叉许可的多种方式，使得每一项知识产权的评估都成了一个特殊个案，评估时需要根据具体情况来判断：
(1)评估对象的种类。例如，我国专利有三种：发明专利、实用新型专利、外观设计专利，它们在创造性、实用性、垄断性、风险性等方面的差异，反映在市场价值上就有巨大差别。
(2)权利的可变性。根据我们现行《商标法》规定，商标申请公告后3个月内任何人可以提出异议；商标标准注册之日起一年内任何人都可以提出争议；根据《巴黎公约》，商标注册后5年内任何人都可以以注册不当提出撤销。法律上的这些规定使得知识产权的权利具有相当的不确定性，处于这三期中的任何商标，价值都具有可调整性。
(3)保护期限。我国对知识产权提供不同年限的法律保护，从这个角度讲，越接近公有期限，价值越低。但随着科学技术更新速度加快，很多技术即使保护期限未到，也早就被淘汰，那么即使它仍在保护期限内，从它经济角度看，它已经没有经济价值。因此知识产权的价值大小不能简单地看它的法律寿命，还要看它的市场经济寿命。
(4)权利产生的条件。例如，我国认为需要得到法律保护的商业秘密必须具有实用性的特点，而这一点在很多国家并非商业秘密的充分必要条件。
(5)行政确认上的要求。在实行“选择登记制”的国家，作品有否进行版权登记也影响价值大小。因为版权登记尽管属非强制性义务，但它却能在版权发生法律纠纷时，提供法律上的“初步证明”。
(6)知识产权的使用纪录。如漏交专利年费、成为诉讼标的、技术产品质量低劣等，都会给专利权的使用带来干扰，引起意想不到的结果，在评估时成为其价值贬值的社会性因素。
(7)评估标准。由于知识产权的价值一旦评估出价格，就要折价入股或者转让出卖，因此如果以外国的市场指数标准通过中国市场的汇率转换成人民币，中方将承担很大的商业成本和市场风险，毕竟一个中国人在中国市场上单位时间内创造出的价值与一个外国人在外国市场中单位时问内创造的价值不是简单的汇率转化可以比较的，因此在利用外资的知识产权评估中应该提倡按照当地消费者的市场购买力平价进行衡量。
知识产权投资中的第三个问题就是作价。知识产权的评估是一种价值预算，至于市场中究竟作价几何、究竟如何支付使用费则需要交易双方的协商一致同意。在利用外资的实际操作中，知识产权作价的确存在不少具体问题：
(1)知识产权投资时被作价过高。虽然我国《公司法》对知识产权的作价比例有明确规定，但外商投资企业缺乏相配套的法律规定，不少合营企业中外商的知识产权作价偏高，占到了外商出资额的50％以上，有的甚至高达企业投资总股本的50％。因为外国企业向我国的知识产权转移，有不少是保护期限即将到期或非核心的知识产权，这样过高的作价只是有利于外商转嫁投资风险，赚取最后的超额利润。因此，知识产权投资作价的标准，原则上应遵守相关的法律规定，一般不超过35％为宜。
(2)价格支付中的不合理。利用外资中中方合营者通过与外方合营者签订转让协议，引进所需要的知识产权，一般通过“使用费”条款反映出来：①入门费过高。入门费一般是引进方在支付提成费的基础上先向外方合营者支付的一笔费用，具有定金意义，一般来说，只占总价的一小部分，但实际中却出现了高达总价的30％乃至50％的情况。②提成率过高。提成率是合营企业每年从许可产品的销售额中提取一定的百分比，作为使用费支付给外商的使用费率。现在有些外商以合营企业每年生产数量为限额，限额之内，适用5％的提成率，超过限额部分适用7％的提成率，变相提高提成费。③提成年限过长。有很多外商在许可协议中，要求的提成年限在lo年以上，超过我国原来《技术引进合同管理条例》规定的最高合同年限(10年)。④支付方式不合理。国际上通常采用入门费加提成方式，而一次总付的方式会因为支付发生在利用技术获得利润之前，使引进方承担较大的风险。上述问题既有市场供求的问题，也有不少是由于中方不谙有关市场操作手法所致。根据国际上的通行惯例，知识产权的作价应该由该项知识产权的有效价值来确定，首先应该估算知识产权给引进方带来的全部利润，然后将引进方全部利润的15％～30％用作知识产权使用费。