尽管保护商标不需要在PTO进行注册，但是注册确实会给注册方带来许多好处。如上所述，在上述限制下，注册使当事方有权在全国范围内使用该商标。注册是对他人的全国性建设性通知，该商标归该方所有。注册使一方可以在联邦法院提起侵权诉讼。通过注册，一方可以潜在地追索三倍的损害赔偿，律师费和其他补救措施。最后，注册商标可以在五年后变得“无可争议”，在这一点上最终确定了商标的专有使用权。
注册申请必须获得专利商标局的批准。PTO可以基于任何理由拒绝注册。例如，专利商标局将拒绝注册尚未达到次要含义的通用商标或描述商标。PTO还可以拒绝“不道德或丑闻”商标，某些地理商标，主要是姓氏的商标以及可能与现有商标混淆的商标。如上所述，驳回商标并不一定意味着它无权获得商标保护。仅表示该商标无权获得上述其他好处。
根据州商标法，一些州也有自己的注册系统。