1．行政保护

即政府主管部门以行政手段对基因进行保护。如1998年6月我国科技部与卫生部联合颁布的《人类遗传资源管理暂行办法》，采取的就是行政保护。这种方式对于保护基因资源有一定的作用，但这种保护方式难以形成产权或权利主体不明，作用有限。

2．合同保护

即在当事人之间通过合同明确约定双方基于有关基因的权利义务。这种合同的当事人有基因资源的提供者与研究者、研究者与投资者、基因成果所有者与利用者等。但是，由于合同对于合同之外的第三人无约束力，通过这种保护的力度和范围都很有限。

3．商业秘密保护

即将有关基因的成果作为商业秘密予以保护。这种方式对成果持有者并不可靠：一是有可能无意中被公开或被他人窃取，二是他人也可通过独立研究而获取。而且仅靠这种信息不公开的保护方式。不利于基因技术的发展，造成大量的重复研究。

4．商标保护

即通过商标保护基因产品而间接地保护基因。由于这种方式不是直接保护基因，作用有限。但在有些情况下，对基因的商业价值实现有较大的作用。如美国水稻技术公司(RiceTec)不仅申请了巴斯玛蒂(Basmatic)水稻基因的专利，还将巴斯玛蒂(Basmatic)作为商标使用。

5．地理标记保护

巴斯玛蒂(Basmatic)本来是印度的地名，对该优良品种水稻可考虑按原产地名称来保护，类似香槟酒。正因为如此，以印度为首的一些发展中国家正在WTO中与发达国家谈判，要求修改TRIPS中有关地理标记的规定，不仅保护葡萄酒类的原产地名称，对稻米等一些农产品也应保护其原产地名称。

6．动植物品种权保护

即将转基因动物和植物以品种权来保护。但是，在很多国家如中国没有专门的动物品种保护法，而且其保护对象仅限于转基因动植物而非基因，其使用范围较窄。

7．著作权保护

美国华盛顿大学分子生物学系主任L．Hood博士认为，基因编码的语言类似于计算机的二进制语言，不同的“字符”的组合导致不同的编码。只不过基因语言是由四个字母A、T、C和G(四种核苷酸的代号)组成，而计算机二进制语言由两个数字(0和1)组成。按照这种观点，计算机语言既然可以用著作权保护，基因编码也可以照此办理。

另一方面，有关基因的数据库在一定的条件下应受著作权保护。因此，即使利用公开的基因数据库如制作基因芯片时，也应当注意著作权问题。另外，基因图谱和基因照片无疑是著作权保护的对象。

8．专利保护

即通过申请专利来保护基因。这是目前讨论最多也是最重要的保护途径，下面将对此进行专题讨论。