(一)专利获取程序中透明度问题

TRIPS第62条之4规定：有关获得和维持知识产权的程序，以及由一些国内法所规定的行政撤销程序和诸如异议、无效和取消的程序，都应服从第41条第2款、第3款所确立的基本原则。我国专利法虽然在专利获取程序上设置了公告、异议程序，有利于实现TRIPS对专利获取程序的透明度要求。然在我国专利立法仍未规定听证制度，使专利的获取程序中的透明度指数下降，进而拉大了我国立法与TRIPS立法所要求的透明度问的距离。

(二)专利申请手续和审查程序效力问题

TRIPS协议第41条第2款规定：知识产权的执法程序应当公平合理。它们不得过于复杂或花费过高或包含不合理的时效和无保障拖延。我国，虽然专利执法效力上有了进步，如：修改后的专利法在专利申请审批手续中简化了审批手续，取消了撤销程序，提高了专利授予的效率，但我国专利执法效力立法与TRIM的要求仍存在差距。如在专利申请、审查程序中涉及的费用有十几项，这些收费项目与各自的减免、失误补救、滞纳金等相结合．致使整个收费机制和系统变得十分复杂，非专门人员很难搞清楚。实践中，申请人因为不清楚规则而耽误期限或者缴费有误而丧失权利的情况时有发生。过于复杂的程序不仅增加了申请人的风险，各种费用的收取和期限的监视也增大了国家知识产权局的行政管理成本。因此，我国仍需优化专利行政执法程序，以便更好地满足TRIPS第41条第2款中对行政执法效力的要求。