相对于传统商标而言，非传统商标注册审查过程更加复杂。一项非传统标记若要获得商标法的保护，必须跨过三道障碍。

第一，非传统商标在传统观念上很难立即被消费者视为商品或服务来源的指示标记，因此一般情况下不具备内在显著性。但是在有些情况下，在特定行业领域内独一无二或者不同寻常的商标设计的确可以起到指示和区别商品或服务来源的功能，被认为具有内在显著性。商标所有人一般需要提交有关非传统商标经过长期使用和大量宣传获得第二含义的证据。

第二，商标功能性原则旨在通过维持知识产权法不同领域内如专利法、实用新型法、版权法与商标法之间的平衡，以促进合法的竞争。商标功能性原则可以防止商标法通过允许生产商控制某种有用商品特征而抑制合法的竞争。如果一项非传统标记对于商品的目的和使用是必不可少的，或者影响到商品的成本或质量，则被认为具有功能性。具有功能性的标记，即便获得显著性也不能予以注册。

第三，商标注册制度要求申请人必须以适当的方式将商标确切地表现出来，使得商标审查机构和公众能够确切地了解申请人主张商标保护的内容。相对于传统商标而言，当非传统商标包含了形状、颜色、声音或气味等标记时,商标的图形表达就比较困难。非传统商标图形表达方式因商标类型而异，目前各国或地区主要采取图样、文字说明和样本的方式。申请人必须说明应能表现该标记的性质，并清楚地展现标记的各方面特征，以供商标注册机构进行审查。