申请人可以委托国家工商行政管理总局认可的具有商标代理资格的组织代理，也可以到国家商标局商标注册大厅直接办理。国家认可的商标代理组织共有近万家，分布在全国各省、自治区、直辖市。
选择哪种方式，申请人应当根据自己的具体情况决定。如果申请人熟悉商标法律法规及相关程序，经常居所或者营业场所的通邮状况良好的，可以直接到商标局办理；若不具备上述条件，最好还是委托商标代理组织代理。在中国没有经常居所或者营业场所的外国人或者外国企业在中国申请转让注册应当委托商标代理组织代为办理。
商标局在对商标转让进行审查的过程中，往往要给申请人发出各种文件，如补正通知书、驳回通知书等。这些文件大多要求申请人对原申请内容做一定修改并回复。这些文件一般通过邮局邮寄，鉴于中国部分地区的邮递通道不是很畅通，加之有些申请人地址发生变动，商标局发出的文件申请人收不到的现象屡有发生，所以，若是自己去办理可能会影响商标转让的进程。
商标代理组织中的商标代理人对商标法律法规比较熟悉，商标业务较为精通，能比较准确地理解委托人和商标局的意图，协助当事人对商标局发出的要求修改的文件作出准确的修改，使转让注册申请的审查得以顺利进行。