要讲磁盘整理，董师傅首先要说明，磁盘碎片只在传统的碟片式硬盘当中才会有，固态硬盘因为采用的是不同的数据存储机制，所以不存在磁盘碎片的问题。那么在普通的碟片式硬盘当中，磁盘碎片是怎样产生的呢?这是因为在普通碟片硬盘当中，文件的存储方式是分散保存到磁盘的不同地方，而非保存在磁盘连续的簇中。因此可以说，碎片从一开始就产生了，而随着我们日常应用过程中不断地修改数据、添加数据，这些文件碎片也就变得越来越多、越来越零散。
那么如何获得最佳的数据访问速度呢?最好的情况就是将一个文件的数据集中存储在磁盘连续的簇当中，这也就是磁盘整理的原理。而磁盘整理的操作就是移动、调整文件的存储位置，尽量让每一个文件都可以连续存储。此外，一些优秀的碎片整理程序还可能尝试进一步的优化，例如，将所有应用程序以“靠近”磁盘中操作系统存放位置的方式放置，从而把加载应用程序时的文件读取次数减至最少。
你也许会说，慢就慢呗，反正不整理也不会有什么问题。是的，磁盘碎片一般不会引起系统问题，但磁盘碎片过多会使系统在读取文件的时候花费更多的寻找(读取)时间，也就降低了系统性能。特别是那些用的比较久、存储了很多数据的硬盘，就更是如此。图中就是在整理磁盘前后磁盘读取数据的速率对比，可以明显看到，在读取磁盘碎片严重的数据时，速率最低，整理前后差距也最大，达到5MB/s。而在进行磁盘整理后，数据读取得快了，系统运行自然也就快了，这也是为什么董师傅让那位读者整理磁盘试试看的原因。
当然，你也许会说：“这点速度不算啥，我的电脑配置好，根本感觉不到。”但是你要知道，过多的磁盘碎片将产生更多的读写操作，而过多、过于频繁的读写操作也会影响硬盘的使用寿命，甚至造成存储文件丢失!如果某一天你的硬盘一命呜呼，那个损失可就大了!
最后，还要说几点磁盘整理过程中的陋习。首先，磁盘整理要尽量在系统空闲的时候进行，且整理的时候不要进行任何的操作，这样才能有最好的效果。其次，磁盘整理并不是越频繁越好，正确的方法应该是在磁盘整理前先进行磁盘分析，确定需要整理时再进行整理。最后，为了让磁盘整理可以更好地运行，你的磁盘每一个分区都要留有足够的剩余空间，以便在磁盘整理时有足够的临时存储空间。