ASP.NET4.0之后，这个配置文件在并发和线程方面得到了充分的支持。比如，可以设置maxConcurrentRequestsPerCPU, maxConcurrentThreadsPerCPU和requestQueueLimit等参数，用来更加灵活的设置asp.net runtime的配置。

在Windows Server 2008 R2 (IIS 7.5)中，已经允许可以为每个应用程序池（application pool）单独设置不同的设置，之前的asp.net.config只能作用于所有的framework而不能单独对站点或应用程序池设置。现在可以放心了，你可以为每个应用程序池单独设置一个自定义的aspnet.config配置文件，并且你可以保存在磁盘上的任何地方，在应用程序池启动的时候IIS会自动加载它。

MSDN的一篇文章里提到IIS应用程序池设置的时候支持了一个新属性CLRConfigFile用来设置这个配置文件的配置，但默认是没有值的，也就是说默认是只读取framework根目录下的aspnet.config文件。

IIS管理器（ IIS Manager）没有为配置应用程序池而设置单独的UI界面，所以必须手工使用命令来设置。使用appcmd.exe可以来设置，参考如下的命令行代码，注意其中的2个变量（配置文件路径和应用程序池名称）。

下面的内容也是一样的，只是一个模板让你参考，注意花括号里的内容 （{AppPoolName}和{FilePath}）是需要替换的。（在%windir%\System32\inetsrv下运行appcmd）
appcmd.exe set config -section:system.applicationHost/applicationPools /[name='{AppPoolName}'].CLRConfigFile:"{FilePath}" /commit:apphost
注：framework根目录下的aspnet.config文件依然也在使用，这个自定义文件只是设置不同的部分。
我们来看一个例子：

关于权限，应用程序池会使用自身的identity尝试读取这个配置文件，如果这个文件没有权限的话，你可以使用如下代码给予赋权：

安全起见，请确保这个文件没有继承其它的权限或拥有更多的权限。
现在，你就可以任意为每个应用程序池单独设置自定义的配置文件了，当然，多个应用程序池也可以共用同一个自定义配置文件。由于应用程序池只有在启动的时候才加载配置文件，所以当你设置了配置文件以后，你需要重启相应的应用程序池。
另外，要注意的是该功能只支持IIS7.5和以上版本，并且只支持集成模式（Integrated Pipeline mode）。

进一步的资料，请查阅一下链接：

1.     system.web>应用程序池设置：http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd560842.aspx
2.     ASP.NET 线程使用用法：http://blogs.msdn.com/b/tmarq/archive/2007/07/21/asp-net-thread-usage-on-iis-7-0-and-6-0.aspx
3.     IIS 7.5应用程序池配置：http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa347554(VS.90).aspx